其中300多种图书在近几年的图书评选活动中分别获得全国性、行业性及省、市的优秀科技图书、优秀科普读物及优秀畅销书奖。

出版社已有多部图书获得了各个级别的优秀图书及优秀畅销书奖。

例如，《西藏藏族人类学研究》一书获得第二届中国出版政府奖科技类图书提名奖；《周易与中医学》获国际太极金奖；《“十一五”规划战略研究》获中国出版政府奖和中华优秀出版物奖；《知识经济》获中国图书奖；《远离非典健康呼吸》获国家图书奖特别奖；《小分子RNA的基础研究与临床应用》和《肿瘤实验诊断治疗学》获新闻出版总署“三个一百”原创图书奖；《凯蒂名画奇遇》（7册）《男孩女孩》、《穿越时空》（12册）、《小狗卡皮》（12册）、《法布尔昆虫记》（10册）、《YOUPI小百科》（10册）、《妙趣科学翻翻书》（12本）等图书被国家新闻出版总署列为“向全国青少年推荐百种优秀图书”等。《图说寄生虫学与寄生虫病学》《复杂疑难肝胆外科手术学》《胎儿及新生儿心脏病学》《原创少儿环保历险小说系列丛书》4项目入选“十二五”时期（2011—2015年）国家重点图书、音像、电子出版物出版规划。

另外，《东方科学文化的复兴》等图书获北方省十省市优秀图书一等奖，《珍稀野生动物大解读》（4册）、《中国人的“心病”》（4册）等图书获北方十省市优秀图书二等奖，《杨力养生23讲》获北方十省市优秀畅销书奖》；《中国长白山植物》、《中国木兰》获北京市优秀图书正式奖，《没有上锁的保险箱》获北京市优秀图书提名奖等。《原创少儿环保历险小说系列丛书》、《眼底病影像诊断图谱（第二版）》、《刘渡舟临证精要》、《免疫组织化学病理诊断（第二版）》、《中国重大疾病防治与研究丛书》、《胎儿及新生儿心脏病学》、《图说寄生虫学与寄生虫病学》、《复杂疑难肝胆外科手术学》、《中国药用植物种子全书》、《人致癌病毒与癌症》等十项目入选北京市“十二五”重点图书出版项目规划。北科社出版的绝大多数图书受到读者的欢迎，销售较好，例如，“杨力养生系列”图书发行了14万多册，《男孩女孩》发行了2万多册。《跟着君之学烘焙》《左右脑开发丛书》、《彩图版法布尔昆虫记》、《图画捉迷藏》等图书发行量达均高达数万套，这些优秀图书在公众中已产生了较大的影响。北科社还获得多种集体荣誉，例如，被新闻出版总署评为"全国新闻出版先进集体"；社办的贝壳阅读网被评为"最具发展潜力网站"；被北京市国税、地税局评为“纳税信用A级单位”；被北京市科委命名为北京市科普传媒基地；从1998年至今，已连续13年荣获首都精神文明单位称号；参加北京市直运动会，获健身球项目二等奖；参加市科研院广播操比赛，获一等奖等。