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蒺藜苜蓿EST-SSRs分布特征及标记的开发

屠德鹏 魏臻武 武自念 雷艳芳 张栋 邱伟伟 草业科学 2011年第05期

摘要:利用蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)EST数据库开发新的EST—SSRs标记,分析EST-SSRs的分布特征。利用SSRIT软件对NCBI上公布的285285条蒺藜苜蓿EST序列进行SSR序列的检测,共检测出6688个SSR序列,分布于6512个EST中,占整个EST数据库的2.28%。其中二核苷酸重复基元出现的频率最高,占总EST—SSRs的34.4%(2301条),其次是三核苷酸重复基元,占29.6%(1982条).4~6核苷酸重复基元所占比例均较小。利用Primer Premier5.0随机设计100对EST—SSRs引物,PCR扩增结果表明,85对引物在蒺藜苜蓿RIL群体亲本A17和A20上有清晰的扩增条带,占合成引物总数的85%,在RIL-8群体中检测到29个EST—SSRs引物有多态性,占可扩增引物的34.1%。本研究开发了85个蒺藜苜蓿EST-SSRs新标记。

关键词:蒺藜苜蓿引物设计标记开发

单位:扬州大学动物科学与技术学院扬州大学草业科学研究所 江苏扬州225009 上海鼎牛饲料有限公司 上海200436

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