基因组学与应用生物学杂志

基于高通量转录组测序的草鱼雌雄性腺差异表达基因分析

基于RNA-Seq高通量测序技术的菠萝洁粉蚧转录组研究

为了探索调节昆虫世代历期的相关基因,研究了菠萝洁粉蚧在转录水平上对温度的响应。组装后获得49898个Unigenes,其平均长度为1007bp;其中有15015(30.10%)个Unigenes被成功注释到Nr、SwissProt、KOG和KO等功能数据库中。DEG分析表明,7960个Unigenes被诱导差异表达,其中MIX21相对于MIX27表达量上调的有5080个,下调的有2880个。差异基因代谢通路分...

秧鸡科部分鸟类线粒体基因组的比较及系统发育关系分析

秧鸡科鸟类的系统发育关系尚不明确,本研究通过对秧鸡科11属共17种鸟类的线粒体基因组中各基因进行变异位点和简约信息位点分析。选取变异位点和简约信息位点含量均较高的CR、ND2、ND4、ND5及线粒体基因组分别作为分子标记,采用NJ法、ML法和贝叶斯法分别构建系统发育树。通过对各系统树进行比较分析,结果表明:红胸田鸡、小田鸡、紫水鸡、南秧鸡...

SUMO融合系统高效表达可溶性IBDV NB株VP2 S-P域蛋白

鸡传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus, IBDV)导致机体出现免疫抑制。VP2 是IBDV主要保护性抗原表位的结构蛋白,Shell 域和Projection 域位于IBDV VP2 蛋白的胞外区和跨膜区,包含VP2主要的抗原位点。前期研究在Shell 域筛选到能够与IBDV 多抗结合的多肽。因此,本研究利用PCR 扩增Shell 域和Projection 域的基因,添加小泛素相关...

基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析

为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634bpCOⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%。通过Kimura's2-parameter计...

中华绒螯蟹IAG基因的克隆及生物信息学分析

采用RACE-PCR技术,获得中华绒螯蟹胰岛素样促雄激素腺基因(Es-IAG)全长cDNA序列,并利用相关生物信息学软件对该基因及其蛋白质的结构、理化特性进行生物信息学分析。结果发现,Es-IAG基因序列全长1392bp,编码151个氨基酸,Es-IAG多肽的相对分子量为16.61kD,理论等电点pI为5.08,前体多肽中存在分泌型信号肽,存在两个糖基化位点和16个磷酸化位点,存...

华贵栉孔扇贝Akirin 2 基因的克隆与表达分析

为了解Akirin 在华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)中的作用,本研究分离了华贵栉孔扇贝Akirin 2 基因(命名为CnAkirin 2),并描述了CnAkirin 2 的特征。使用转录组分析和PCR 方法获得了CnAkirin 2 cDNA序列,通过序列比对分析了Akirin 氨基酸序列在不同物种中的保守性,使用MEGA 7.0 软件的邻接法构建了Akirin 2 的系统进化树,使用实时定量PCR 分析了A...

三角帆蚌SOX2基因的分子鉴定及表达分析

SOX基因家族是一系列在性别分化、胚胎发育、细胞多功能性的维持等方面具有重要作用的转录因子,在高等脊椎动物中研究比较深入,但在淡水珍珠蚌中却很少见。本研究利用RACE法克隆获得了三角帆蚌SOX2基因的序列,其cDNA全长为1840bp,开放阅读框为672bp,编码氨基酸223个。该基因具有SOX基因家族典型的HMG-box蛋白结构域,与其他物种对比发现,保守性极...

热应激对虹鳟CRT基因和PDIA4基因mRNA表达的影响

c-myb基因启动子表观遗传修饰对该基因表达的影响

基于Cytb基因的NCBI数据库序列可靠性分析

本研究以常用于动物种属鉴定的Cytb基因位点为研究对象,利用所测得的30种盗猎案件中常见的野生动物Cytb基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种序列及其近缘物种序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分...

雅鲁藏布江湘河流域浮游生物群落结构的探究与多样性分析

为了探究雅鲁藏布江湘河流域生物群落结构及物种多样性现状,为西藏地区湘河流域浮游生物资源的保护及开发利用提供科学依据。本研究于2017年3~4月对湘河流域浮游生物进行了生物采样与调查,共设置采样点8个。本次调查共检出浮游植物6门61种,其中硅藻门为优势种,共41种,占总种类数的67.21%;绿藻门、蓝藻门次之,分别占总种类数的11.48%;甲藻门、隐...

地塞米松对从江香猪细胞色素氧化酶P450 3A29 mRNA表达的影响

从江香猪是全国稀有的微型猪种,其细胞色素氧化酶P450 基因纯合度较高,遗传稳定,具备开发药物代谢动物模型的良好基础。本研究旨在应用实时荧光定量方法研究从江香猪细胞色素氧化酶P4503A29 mRNA 的组织分布及地塞米松对其表达的影响,并比较与人细胞色素氧化酶P450 3A4 的相似性。结果表明,从江香猪细胞色素氧化酶P450 3A29 mRNA 的组织分布特征...

家犬用狂犬病口服基因工程疫苗的研究初探

中国的狂犬病主要由农村家犬通过咬伤传染所致,为了研制高效实用的家犬用狂犬病口服基因工程疫苗,本研究把狂犬病病毒G蛋白基因插入真核表达质粒pIRESneo,构建重组表达质粒pIRESneo-G,转化入鼠伤寒减毒沙门氏菌SL3261,构建重组口服疫苗SL3261-pIRESneo-G。通过口服免疫小鼠,检测免疫血清中和抗体水平及其病毒保护效果。结果显示,经小鼠口服免疫...

一种自制DNA提取剂在微量细胞和单个囊胚上的应用

目前微量DNA的提取方法,不仅操作繁琐耗时,而且所需试剂价格昂贵。为了解决这个问题,本研究旨在开发一种快速、经济的微量DNA提取剂。用自制提取剂快速提取50个、100个、500个、5000个、50000个猪胎儿成纤维细胞的基因组DNA。经PCR扩增,电泳结果显示:自制提取剂可有效提取数量低至50个的猪胎儿成纤维细胞。分别采用自制提取剂、酚氯仿以及试剂盒...

两种饵料对褶皱臂尾轮虫生殖及休眠卵孵化的影响

水生动物脂肪酸去饱和酶基因相关进展

长链多不饱和脂肪酸(long chain polyunsaturated fatty acids, LCPUFAs)对人体的生理功能有重要作用,但是人体合成LCPUFAs能力非常有限,水生动物因其口味鲜美以及富含LCPUFAs成为人类LCPUFAs的主要来源。水生动物体内多不饱和脂肪酸(polyunsaturated fatty acids, PUFAs)在脂肪酸去饱和酶(fatty aciddesaturase, Fad)和延长酶(Elongase)的催化...

可溶性焦磷酸酶的研究进展

焦磷酸酶(pyrophosphatase, PPase)是一种将底物焦磷酸(pyrophosphoric acid, PPi)水解成两分子磷酸盐的酶。目前,自然界中存在两大类PPase:膜结合型焦磷酸酶(membrane-integral pyrophosphatase,M-PPase)和可溶性焦磷酸酶(soluble inorganic pyrophatase, s-PPase)。s-PPase又分为Ⅰ型可溶性焦磷酸酶(soluble inorganicpyrophatase FamilyⅠ, s...

一株橡胶降解菌Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400 的全基因组测序及功能挖掘

Rhizobacter gummiphilus NBRC 109400 是一种新发现的具有降解天然橡胶能力的革兰氏阴性菌,为进一步探究该菌株降解天然橡胶的作用机制,挖掘菌株可能存在的功能特性,本研究使用第三代高通量测序技术对R. gummiphilus NBRC 109400 进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测,并对其橡胶降解蛋白进行挖掘...

基因组挖掘默诺霉素生物合成基因簇的比较分析

通过对NCBI数据库的检索,使用次级代谢基因挖掘的方法对整个基因组数据进行扫描,发现含有潜在的默诺霉素家族磷酸糖脂类抗生素合成途径基因簇的6株链霉菌:Streptomyces ghanaensis、Streptomycesbambergiensis、Streptomyces prasinus、Streptomyces lincolnensis、Streptomyces. sp. SAT1 和Streptomycesclavuligerus。将搜寻获取的候选基因簇...

十字花科黑腐病菌中甲基趋化受体蛋白的研究

趋化性是有运动能力的细菌对环境中的刺激物产生的趋向或离避行为。在细菌的趋化系统中,能够感应环境中化学物质浓度梯度的化学受体称为趋化受体。十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestrispv. campestris, Xcc)是重要的植物病原菌,也是一种研究微生物与宿主互作机理的重要模式菌,然而关于Xcc 中趋化受体的研究还较少。本研究利用生物信息学技术...

水稻白叶枯病菌广西分离株K74中主效TAL效应物的鉴定

水稻是世界上主要的粮食作物之一。水稻白叶枯病(Bacterial leaf blight)是危害水稻最严重的细菌性病害,可使水稻减产20%以上,严重时甚至绝产,给农业生产和经济造成巨大影响。水稻白叶枯病由水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Xoo)的侵染造成,而TAL 效应物是Xoo 的重要致病因子。近年来,该病在广西也有多发的趋势。2007 年从防城港...

两株对花生促生的芽孢杆菌的鉴定及溶磷特性研究

土壤中绝大多数的磷以难溶态存在而不能被利用,溶磷微生物可以溶解难溶性磷,提高土壤的速效磷水平,从而促进植物生长。本研究利用盆栽实验测定从茶树根际分离的2 株溶磷细菌对花生生长的影响,发现均具有显著促生效应,尤以HP9菌株表现更为明显。通过形态、生理生化试验及分子生物学方法进行鉴定,将HP9、HP10菌株分别鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillu...

阔苞菊内生放线菌的分离鉴定和抗菌活性研究

为了分离鉴定阔苞菊内生放线菌并研究其抑菌活性,通过与高氏一号培养基和1/10ATCCCL-173培养基的对比试验,选用改进的HV培养基从阔苞菊中分离纯化出48株内生放线菌;对其16SrDNA进行PCR扩增及基因测序,结果显示其中79.17%为链霉菌属菌株;对所提取放线菌基因组DNA进行BOX-PCR多样性指纹分析,结果与16SrDNA序列分析的结果一致;利用滤纸片法测量其抑...

pH对Themoanaerobacterium calidifontis Rx1乙醇发酵代谢的影响

Themoanaerobacterium calidifontis Rx1 是一株能降解半纤维素发酵乙醇的高温厌氧菌。本研究以Rx1 和其乙酸激酶基因(ack)敲除的突变菌株Rx1 △ack 作为研究对象,研究了不同pH 值条件对两种菌株生长与代谢的影响,并通过测定碳中心代谢关键酶的表达量与酶活性分析了pH 的代谢调控机制。结果表明,与自然pH相比,控制pH 能够改变两种菌株的代谢产物...

酵母菌株对芒果酒理化特性及抗氧化特性的影响

采用5 株广为使用的酵母菌株(EC1118, D254, Red fruit, Aroma white, SY)分别作为芒果酒的发酵菌株。通过对比它们的发酵力,起发时间以及对芒果酒的酒精度、干浸出物、挥发酸、总糖、可滴定酸含量、pH值以及抗坏血酸、总酚、抗氧化活性(DPPH, FRAP)、感官得分的影响,选取得到芒果酒发酵的最适酵母菌株。结果表明,5 株酵母所发酵的芒果酒酒精度...

宏基因组学在抗生素抗性基因鉴定中的应用

随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的下降,基于宏基因组学的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定技术逐渐成为主流技术。本综述总结了基于宏基因组学的抗生素抗性基因鉴定的主要技术和方法,详细综述了各种鉴定技术的实现流程,并评述了各种方法的优缺点。本研究认为基于功能宏基因组学方法可以发现现有ARGs数据库没...

黄瓜IQD/SUN基因家族全基因组鉴定及分析

黄瓜果型是非常重要的外观商品性状,CsSUN是调控黄瓜果型的关键基因。为了明确SUN基因家族在黄瓜中的潜在功能,本研究对其成员进行了全基因组鉴定,分析了黄瓜SUN基因家族成员及其编码蛋白的结构,比较了黄瓜、拟南芥和番茄SUN基因家族的进化关系,并明确了黄瓜SUN基因家族在染色体上的分布和组织表达特异性。结果表明:黄瓜SUN基因家族包含28个成员...

籽粒苋丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)基因的克隆及其特征分析

丙酮酸磷酸双激酶(pyruvate orthophosphate dikinase, PPDK)是C4植物在光合过程中的关键限速酶之一。本研究采用RT-PCR 技术,从籽粒苋叶片中克隆到籽粒苋丙酮酸磷酸双激酶基因cDNA全长。核苷酸序列分析表明,该基因cDNA序列开放阅读框全长为2 871 bp (GenBank 登录号: JF907701.1),可编码956 个氨基酸,分子量为104 kD。籽粒苋丙酮酸磷酸双激酶PP...

利用rpl32-trnL分析阿尔金山自然保护区真藓居群遗传多样性

本研究对分布在中国新疆维吾尔自治区阿尔金山自然保护区的6 个真藓(Bryum argenteum)居群的遗传结构及遗传多样性进行比较。通过对32 条叶绿体DNA的rpl32-trnL序列的核苷酸序列变异的分析,发现了14 种单倍型,存在201 个可变位点;分子变异分析显示有51.02%的遗传变异发生在居群间水平,居群内部的遗传变异为48.98%,真藓居群间的遗传分化程度较高...