摘要：目的利用生物信息学方法预测miR-210的红细胞系(以下简称红系)相关下游靶基因。方法利用NCBI比对分析miR-210成熟序列在各哺乳动物之间的保守性。运用基因数据库筛选miR-210的下游靶基因。采用Cytoscape中的BINGO插件对预测的miR-210下游靶基因进行GO分类富集分析。筛选参与红系增殖、分化、凋亡的miR-210下游靶基因,采用DAVID和KEGG数据库进行信号转导通路富集分析后,预测miR-210的红系相关下游靶基因。利用Targetscan在线工具验证靶基因与miR-210的相互作用关系。结果 miR-210成熟序列在多物种间具有高度保守性。筛选出416个与miR-210相关性较高的预测靶基因,其分子功能集中在蛋白结合、离子跨膜运输活动、酶结合等,参与的生物学过程集中在细胞信号转导、突触传导等,参与构成的细胞组分主要有突触小泡、细胞质、细胞器等。筛选出26个与红系增殖、分化、凋亡密切相关的miR-210下游靶基因,参与调控的信号通路主要集中于癌症信号通路、PI3K-Akt信号通路等。初步确定Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6基因与红系增殖、分化密切相关,其中Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Kitl可能受miR-210的直接调控,Ctgf可能受miR-210的间接调控。结论初步筛选出miR-210的红系相关下游靶基因Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6,这些靶基因可能与红系的增殖、分化有关。

关键词：微小rna 红细胞系 靶基因 生物信息学 

单位：青海大学医学院