摘要：元蛋白质组学是近年出现的一种基于蛋白质组学对微生物群落进行研究的新技术，其定义为对特定环境的所有微生物蛋白质进行的即时的、大规模的分析。虽然目前对元蛋白质组学的研究还处在起步阶段，但是它已在特定环境的微生物研究中显现出其强大的功能。本文通过对目前元蛋白质组学常用研究策略和技术进行比较，概述土壤元蛋白质组的提取、纯化、分离与功能鉴定等方面的研究现状，并对土壤元蛋白质组学研究的意义进行了展望。土壤元蛋白质组学的发展深受提取方法的影响，现有的方法很难提供既可成功分离又易于鉴定的蛋白质，而土壤蛋白鉴定的主要问题在于土壤蛋白质含量低，通过质谱分析对蛋白质鉴定时缺乏足够的序列一数据库信息。一旦这些问题得以解决，土壤元蛋白质组学便能在土壤微生物生态功能研究方面得到更加广泛和深入的应用。

关键词：元蛋白质组学 环境微生物 微生物群落 功能性生物指示物 稳定同位素探针连接蛋白 

单位：南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室 南京210095 中国科学院南京土壤研究所 南京210008