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柑橘GAST1基因的克隆及生物信息学分析

张永艳; 郝向阳; 钟云; 程春振 园艺与种苗 2017年第05期

摘要:【目的】克隆一个受CTV(Citrus Tristeza Virus,柑橘速衰病毒)诱导的GAST1基因,通过生物信息学分析手段揭示其可能的作用方式。【方法】以克里曼丁橘cDNA为材料,通过扩增获得该基因,并利用生物信息学软件进行分析。[结果]该基因编码序列(CDS)长度为357bp,预测可编码含有118个氨基酸残基的蛋白质,其中半胱氨酸、脯氨酸和丝氨酸含量较高,分别占总蛋白的10.2%、8.5%和8.5%。生物信息学分析结果显示,CcGASTl编码的蛋白为具有信号肽的亲水性蛋白,具有GAST家族蛋白所特有的GASA结构域。多重序列比对结果显示和其他物种GAST1蛋白一样,CcGAST1蛋白C端非常保守,舍有12个保守的半胱氨酸。以不同植物GASTI蛋白序列构建进化树,发现克里曼丁橘与甜橙亲缘关系最近,其次是核桃。【结论】CcGASTl富含半胱氨酸和脯氨酸残基,其保守的GASA结构域和12个保守的半胱氨酸残基可能与其功能相关。

关键词:gast1基因基因克隆生物信息学分析gasa结构域半胱氨酸

单位:福建农林大学园艺学院; 福建福州350002; 广东省农业科学院果树研究所; 广东广州510640

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园艺与种苗

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