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母猪初情期全基因组关联分析和位置候选基因研究

李平华 李杰 杨竹青 张志燕 杨斌 陈从英 中国农业科学 2012年第19期

摘要:【目的】分离影响母猪初情期的主效基因或分子标记。【方法】以白色杜洛克×二花脸资源群体F2代母猪为研究材料,利用Illumina猪60KSNP芯片分别对F0和F1及316头有初情期表型记录的F:代母猪进行基因型判定,通过单标记全基因组关联分析(GWAS)和连锁一连锁不平衡(LDLA)分析检测与母猪初情期显著关联的SNP位点或单倍型。采用标准关联分析、标记辅助关联分析和F值下降检验分析lin-28同源B基因(LIN28B)和跨膜蛋白38B基因(TMEM38B)3个SNP位点与母猪初情期的关联性。【结果】①与母猪初情期关联性最强的SNP为ASGA0032316,位于7号染色体(SSC7)33.07Mb处RAB23基因内含子中,同时在1、6、12、15和17号染色体也检测到与母猪初情期显著关联的SNP;②达基因组显著水平的单倍型均位于SSC7,其中关联性最强的单倍型位于SSC7的38.39-38.47Mb处F1RVR7和ZFAND3基因之间的基因间隔区;③LIN28B和TMEM38B基因的3个SNP与母猪初情期均未达到显著相关(P〉0.05)。【结论】在白色杜洛克×二花脸资源群体中,与母猪初情期关联性最强的SNP位点和单倍型均定位于7号染色体,1、6、12、15和17号染色体也定位到与母猪初情期显著关联的SNP,LIN28B和TMEM38B基因不是1号染色体QTL区间内的因果基因或需要搜寻更多的SNP进行分析验证。

关键词:母猪初情期全基因组关联分析连锁和连锁不平衡分析位置候选基因

单位:江西农业大学动物生物技术国家重点实验室培育基地 南昌330045

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