摘要:【目的】分析已知苹果(Malusgdomestica)MADS—box基因基本信息,研究其在不同组织中表达情况。【方法】利用NCBI数据库查询并获得苹果MADS—box基因,采用CLCCombinedWorkbenchVerSion6、WebLogo3、MEGA4.1、Maplnspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT—PCR技术研究MdMADS基因在不同组织中的表达情况。【结果】共得到26个苹果MADS—box基因。MADS—box结构域分析显示,氨基酸10(I)、16—19(RQVT)、22—23(KR)、29—31(KKA)、33(E)、37-39(LCD)、42(V)和48(s)是保守不变的。保守元件分析表明,苹果MADS—box基因包含4个保守元件:元件i、3为MADS盒;元件2、4为K盒。所有苹果MADS—box蛋白都包含有MADS盒(除MdMADS9)和K盒。进化树分析结果显示,苹果MADS基因共分为5个亚组。MdMADSI、3、4、反7’8、J,、18属于SEP亚组;MdMADS2.工12属于APl亚组;MdMADSlO,14、15,19、22和MdA6L属于AG亚组;MdMADSI~J7’21、MdSOCl、MdSOCIa和MdSOClc属于SOCl亚组;MdMADSl3、23和MdPI属于AP3亚组;MdMADS20属于SVP亚组。染色体定位分析显示,MdMADS在8号染色体上分布最多,共有4个;其次是染色体2、14和17,均分布3个;染色体1、5、6、7、II和16均分布1个;染色体3、4、12和15则没有分布。RT—PCR结果分析显示,SEP和AGL亚组表达模式较为一致,主要在花和果实中表达;APl亚组除在花和果实中表达外,在其它组织器官中也有表达。【结论】苹果MADS—box基因结构高度保守,多数成员参与调控花和果实发育过程。
关键词:苹果 转录因子 生物信息学 表达分析
单位:中国农业科学院果树研究所 辽宁兴城125100
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