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玉米大斑病菌 MAPK 超家族的全基因组鉴定及途径模型建立

巩校东 张晓玉 田兰 王星懿 李坡 张盼 王玥 范永山 韩建民 谷守芹 董金皋 中国农业科学 2014年第09期

摘要:【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeriaturcica)的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功能奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库,通过基于隐马尔科夫模型的HMMER3.0软件搜索基因组,鉴定并获得MAPK超家族成员序列、基因组定位信息;采用MEGA5.0软件进行系统进化分析;通过GSDS工具进行基因结构分析;利用Clusta IX、MEME工具分析MAPK蛋白激酶区的保守性及保守位点。【结果】在玉米大斑病菌基因组中发现了4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。系统进化分析将MAPK分为Kss1/Fus3、slt2、Hog1及Ime24类;MAPKK分为Pbs2、sre7及Mkk1 3类;MAPKKK分为stell、Bck1及Ssk23类。基因组定位及基因结构分析表明,MAPK超家族散布在基因组中,且MAPK基因的结构最为复杂多样,MAPKK次之,MAPKKK结构最简单。多重序列比对与保守位点分析表明,玉米大斑病菌MAPK超家族的激酶结构域均高度保守,其中MAPK具有保守的“-TxY-”磷酸化位点,MAPKK含有保守的“-SD[V/I]WS-”磷酸化位点,MAPKKK含有“-G[S/T][VIP][F/M][W/Y]M[A/S]PEV-”特异性保守位点。【结论】全基因组分析表明,玉米大斑病菌中包括4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。通过系统进化、基因结构及多重序列比对和保守位点分析,在玉米大斑病菌中构建了Fus3/Kss1-homolog、slt2-hom010g、Hogl-homolog和Ime2-homoIog4条MAPK级联途径,其中Ime2homolog为一条新发现的MAPK级联途径。该信息为深入解析植物病原真菌MAPK超家族的功能奠定了基础。

关键词:玉米大斑病菌mapk基因超家族系统进化保守基序

单位:河北农业大学真菌毒素与植物分子病理学实验室 河北保定071001 河北省农林科学院植物保护研究所 河北保定071000 唐山师范学院生命科学系 河北唐山063000

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