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绿豆高密度分子遗传图谱的构建

吴传书 王丽侠 王素华 陈红霖 吴健新 程须珍 杨晓明 中国农业科学 2014年第11期

摘要:【目的】在前期研究的基础上,进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱,为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken(高感豆象绿豆栽培种)× ACC41(高抗豆象绿豆野生种)及其重组自交系(recombinant inbreed line,RIL)群体,对6686对引物进行PCR扩增及多态性筛选,包括6100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物,将亲本间多态性引物,进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据,利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱,并设置LOD≥3.0,最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6686对SSR引物,共有3691对引物有稳定的扩增产物,得到有多态的引物有588对。其中,通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6100对,有效扩增3459对,有效扩增率56.7%,得到多态性引物559对;通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对,有效扩增126对,有效扩增率84.6%,得到多态性引物21对;通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对,有效扩增97对,有效扩增率22.9%,得到多态性引物6对;绿豆STS引物13对,有效扩增9对,有效扩增率69.2%,得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别,绿豆EST-SSR引物(84.6%)最高,绿豆STS引物(69.2%)和SSR引物(55.7%)次之,菜豆SSR引物(22.9%)最低。获得一张含有585个标记(499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记)的绿豆遗传图谱,图谱总长732.9 cM,包括11个连锁群,每个标记间的平均距离为1.25 cM,平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM,每条染色体上面的标记数为35-92个,平均53.

关键词:绿豆遗传连锁图谱标记

单位:甘肃农业大学生命科学技术学院 兰州730070 中国农业科学院作物科学研究所 北京100081 甘肃省农业科学院作物研究所 兰州730070

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