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利用荧光SSR分析中国糜子的遗传多样性和群体遗传结构

寇淑君; 霍阿红; 付国庆; 纪军建; 王瑶; 左振兴; 刘敏轩; 陆平 中国农业科学 2019年第09期

摘要:[目的]利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。[方法]用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。[结果]从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.35720.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.29340.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.54271.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.07640.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.48430.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。[结论]北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多�

关键词:糜子ssr荧光标记遗传多样性群体结构

单位:张家口市农业科学院; 河北张家口075000; 中国农业科学院作物科学研究所; 北京100081

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