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二化螟 Ty3/gypsy 反转座子的克隆与序列分析

李晓欢 罗光华 张志春 刘宝生 方继朝 中国水稻科学 2014年第03期

摘要:转座子是宿主基因组的重要组成部分.Ty3/gypsy 反转座子是广泛存在于生物体内的一类反转座子.通过反向PCR(inverse PCR)和基因组步移方法成功地从二化螟体内获得一个具有完整结构的 Ty3/gypsy 反转座子拷贝,命名为Csu-Ty3(GenBank 登录号:KJ191261).该反转座子拷贝全长4934 bp,在基因组上插入的靶位点(target sit duplications, TSDs)是“AACGT”,两端的长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)不完全相同,5′端 LTR 长161 bp,3′端 LTR 长168 bp,两者的一致度为93.5%;在靠近3′端 LTR 处有一段长15 bp 的嘌呤尾(polypurine tract,PPT)序列.经 ORF Finder 分析,Csu-Ty3中包含三个独立的 ORF,从左至右第一个 ORF 编码类似病毒的结构蛋白,称为 GAG 蛋白;第二个 ORF 编码天冬氨酰蛋白酶(aspartic protease,AP)蛋白;第三个 ORF 编码一个多聚蛋白,包含反转录酶(reverse transcriptase,RT)、RNA酶 H(RNase H,RH)以及整合酶(integrase,IN).Southern 杂交显示二化螟不同地理种群中均有较多的 Csu-Ty3拷贝.在特定基因座位上,对 Csu-Ty3拷贝插入与否的检测结果显示,二化螟不同地理种群中在该位点上均含有 Csu-Ty3拷贝的插入,但在德阳和江津种群中有些个体在该位点上没有检测到 Csu-Ty3拷贝的插入.

关键词:二化螟反转座子克隆序列分析

单位:南京农业大学植物保护学院 南京210095 江苏省农业科学院植物保护研究所 南京210014

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