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DNA甲基化数据分析方法和软件应用

付利娟 夏映曦 何俊琳 刘学庆 陈雪梅 王应雄 丁裕斌 重庆医学 2012年第17期

摘要:目的分析DNA甲基化芯片实验过程质量控制方法、数据统计分析要点及实验结果的验证和数据的可视化处理。方法利用文献、DNA甲基化实验数据探讨DNA甲基化研究中的方法学。结果 DNA甲基化芯片初筛异常过程应多在步骤质量控制工作中,包括DN段化、免疫共沉淀阳性对照的选择、去除原始扫描噪音信号和数据均一化处理。DNA甲基化芯片的结果可采用常用的甲基化特异性PCR(MSP)和甲基化测序PCR(BSP),引物设计软件包括Methprimer和Methyl Primer Ex-press。DNA甲基化芯片分析数据的可视软件为Signal map;BSP结果的可视化可采用Windows系统下的执行软件QUMA和BISMA。结论 DNA甲基化研究,应从多角度控制实验的设计和数据的产生及结果的分析。

关键词:dna甲基化软件质量控制数据分析

单位:重庆医科大学公共卫生学院 400016 重庆医科大学中医药学院 400016 重庆江陵医院 400021

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