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栽培大豆(G.max)和野生大豆(G.soja)的Glyma13g21630基因多样性

张乐; 李英慧; 刘章雄; 邱丽娟 作物学报 2011年第10期

摘要:利用Sanger方法对49份野生大豆,46份地方品种和38份选育品种的Glyma13g21630进行基因测序,采用DNAStar、Mega、DNAsp和Tassel软件分析Glyma13g21630的单核苷酸多态性(SNP)位点在3种类型大豆群体的分布规律。结果表明,在133份供试种质中检测到29个多态性位点,包括22个SNP和7个InDel,多态性频率分别为1SNP/138bp和1InDel/434bp。Glyma13g21630基因序列中多态性位点的分布不均匀,其中内含子3和5为变异富集区,其他区域变异较小。单倍型分析表明,Glyma13g21630在野生大豆和栽培大豆中的多态性位点数目逐渐减少,分布范围也越来越窄;连锁不平衡分析表明,野生大豆的7个高频SNP位点中有42.86%处于极显著的连锁不平衡状态;Ka/Ks〉1,说明野生大豆在向栽培大豆的进化中,某些位点受到正向选择,多态性显著降低。Glyma13g21630基因在大豆由野生向栽培驯化的过程中因正向选择作用而固定了有益变异,表现出瓶颈效应。

关键词:大豆glyma13g21630单核苷酸多态性单倍型

单位:中国农业科学院作物科学研究所; 农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业部作物种质资源利用重点开放实验室; 北京100081

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