随着我国高等教育从“精英教育”向“大众化教育”的转变，高校招生规模不断扩大，学生总体素质却有所下降，本科毕业论文质量也出现了一定程度的不稳定性，其实际质量与目标要求之间存在着较大差距。本科毕业论文质量评价体系是全面衡量论文质量的标准，现行的毕业论文质量评价体系主要存在以下问题：
1.1对论文管理质量的评价存在局限影响本科毕业论文质量的因素有：学校主管部门对论文质量的过程管理、院系领导对论文质量的过程管理、指导教师对论文教学过程的执行、指导教师对其所带学生的指导和管理、学生对毕业论文过程的执行。现行的毕业论文质量评价体系往往只看重论文的内容质量、形式质量和答辩质量，而对论文管理质量的评价却存在着局限性和狭隘性。
1.2评价指标不全面，评价内涵不明确毕业论文的质量评价不同于课程考试的成绩评定，论文的选题、研究内容、方法及结果均没有标准答案，不宜进行明确评分。评价指标和标准均含有可变因素和主观因素，这就要求评价体系具有多层次评级指标以及精准明确的评价内涵，而现行的毕业论文质量评价体系却存在着体系松散宽泛、评价指标不全面、评价内涵不明确的问题。
1.3针对实施对象不能因材施教学校各专业使用的毕业论文质量评价体系，一般是由学校教务职能部门制订的适合所有专业通用的评价体系，评价内容往往是适合所有专业的抽象化、概念化的模糊语言，而不是体现专业特色的具体语言。没有根据人才培养目标和专业特点来构建适用本专业的评价体系，既不能真实反映论文本身的质量，又不能准确评价人才培养质量及整体教学水平。
1.4没有形成良性的循环反馈现行的毕业论文质量评价体系，除了对论文质量进行评价以外，在发现论文教学环节中存在的问题这一方面却没有发挥重要作用，往往只能发现论文的质量问题，却不能分析问题产生的原因，无法形成一个良性的循环反馈。随不断发展变化的新形势，论文质量评价指标及权重应作出相应的调整。
2构建生物工程专业毕业论文质量评价体系的探索
2.1构建原则
2.1.1系统原则毕业论文的撰写是一个系统工程，对毕业论文的质量评价不仅要注重论文的选题、文献综述、外文翻译、文字表述与图表质量、格式规范、答辩及成果所反映的学生学术水平与动手能力、综合应用基本理论与基本技能的能力等，而且要充分考虑学校及学院对毕业论文的过程管理工作，以及指导教师对论文教学过程的执行和管理。
2.1.2专业原则生物工程专业属于理学、工学和药学等多学科交叉学科，综合性强，要求学生不仅要掌握与生物相关的知识技能、理学的基本概念尤其是生物技术的基本概念，还要掌握工科的相关知识。而对于中医院校的生物工程专业来说，还要求学生具备一定的中医药学科背景。因此，构建我校生物工程专业的毕业论文质量评价体系应体现本专业的学科特点、人才培养目标和学校的传统特色，以此提高论文质量评价的准确性，并引导培育专业特色。
2.1.3操作原则一个易于操作的毕业论文质量评价体系应具有客观性、可测性和完整性，指标内涵不模糊，应使用明确及可以考评的语言对指标进行描述，而模糊及难以量化的指标则放入综合评价中。操作性好的毕业论文质量评价体系，可以减小评价者对论文的主观评价影响，缩小评价结果与实际质量之间的偏差，体现对论文质量评价的客观性。
2.1.4激励原则构建本科毕业论文质量评价体系，应将科学性与可行性相结合，定性与定量相结合，基本指标与提高性指标相结合。所构建的毕业论文质量评价体系要具有一定的导向性，能充分调动学生、指导教师、管理人员的积极性。
2.2体系内容
2.2.1静态质量评价毕业论文的静态质量评价是指对毕业论文的成果质量进行评价，包括对论文的内容质量、答辩质量和形式质量进行评价。将一级指标“静态质量”分解为3项二级指标：内容质量、答辩质量、形式质量。毕业论文的内容质量是毕业论文质量的核心，在毕业论文质量评价体系中占有较大比重，对论文的评价结果具有决定性影响。毕业论文的内容质量涉及到论文的选题、文献综述、外文翻译、研究成果等方面，将二级指标“内容质量”分解为选题、文献综述、外文翻译、学术水平与动手能力、综合应用基本理论与基本技能的能力等三级指标，对选题是否合理、文献综述是否具有综合性特点、外文翻译是否准确、研究成果能否反映学生的综合能力等进行评价。
毕业论文的答辩质量反映了学生的综合素质，是对学生分析问题能力、口头表达能力、思维应变能力、多媒体应用能力等的全面体现，具有直观性、过程性、综合性的特点。将二级指标“答辩质量”分解为汇报论述、口头表达、回答问题、多媒体应用等三级指标，对答辩汇报是否条理清楚、口头表达是否流利、回答问题是否准确、多媒体应用是否优秀等进行评价。毕业论文的形式质量是本科毕业论文的直观表现，论文在结构层次、语言文字、数据图表等方面应具有规范性、标准性、可读性。目前，毕业论文的规范化问题已成为影响毕业论文质量的重要因素，如论文的结构层次不合理、数据图表不规范、撰写格式有误、参考文献格式不规范等。将二级指标“形式质量”分解为结构层次、文字表述、图表质量、规范要求等三级指标，对论文结构是否严谨、文字表述是否合理、图表制作是否精确、文本格式是否规范等进行评价。
2.2.2动态质量评价毕业论文的动态质量评价是指对毕业论文的过程管理质量进行评价，毕业论文的过程管理包括学院对毕业论文工作的管理和监控，以及指导教师对论文教学过程的执行和管理。学院对毕业论文工作的管理评价主要包括制度建设、组织保障、教学条件、过程管理等各方面的评价。制度建设的评价是对学院是否制定了毕业论文的工作方案以及具体规范要求进行评价；组织保障的评价是对学院是否成立毕业论文工作小组或答辩委员会进行评价；教学条件的评价是对毕业论文的实验条件、图书资料等支撑情况进行评价；过程管理主要评价本科毕业论文工作的全过程管理情况。对指导教师工作的评价注重于论文任务书与指导开题报告的质量，计划进度及执行情况，评语的客观性与公正性，对各个环节的指导工作是否到位等。在影响本科毕业论文质量的各个因素中，指导教师对论文教学过程的执行和管理对毕业论文教学质量的评价影响最大。
3结语
区域产业是指在某一特定区域内，生产同类商品或提供同种服务的所有企业的集合，反映的主要是产业空间布局状况以及由此所决定的区域间横向经济关系。生物工程相关产业涵盖医药、食品、检验、环保、农业等领域⑤，产业相关集群的形成对于促进地方经济建设，保障经济、社会、环境与人的协调发展意义重大。
1．生物工程相关产业在国民经济中的地位“十一五”以来，国务院批准了《促进生物产业加快发展的若干政策》和《生物产业发展“十一五”规划》，大力推进生物技术研发和创新成果产业化，生物产业产值以年均22．9％的速度增长。《国务院关于印发生物产业发展规划的通知》提出，到2015年，生物产业增加值占国内生产总值的比重将比2010年翻一番；到2020年，把生物产业发展成为国民经济支柱产业。《国家“十二五”科学和技术发展规划》和《国家“十二五”生物技术发展规划》明确提出将“研究预防和早期诊断关键技术，显著提高重大疾病诊断和防治能力”作为“人口与健康”重点领域的发展思路之一；将生物制药技术列为重大支持方向之一；将食品安全列为民生科技示范重点，食品安全检测产业将成为新型公益类重点资助领域。
2．吉林省生物工程相关产业发展现状“振兴东北老工业基地”、“长吉图开发开放先导区”、“长春市部级生物产业基地”等国家和地方的政策性投入，使吉林省生物工程领域产业的发展形成了比较优势，已拥有长春生物制品研究所、通化东宝等一批大中型生物医药企业集团和一大批中小型生物医药研发和制药企业，以及长春迪瑞、长春汇力、长春博德等体外诊断检测试剂和仪器生产企业。2012年，相关产业整体呈现快速、强劲的发展势头，全年医药产业实现销售产值1550亿元以上，同比增长34．7％⑥。吉林省工业发展“十二五”规划提出，在医药产业方面，将吉林省建设成为国内外具有重要影响的国家生物药基地、中药北药基地；在医疗仪器设备及器械方面，提升医疗器械行业发展水平，加快补齐医药产业发展短板，重点发展多功能激光治疗设备、临床检验分析仪器等医疗检验仪器。到2015年，全省医药工业总产值达到2000亿元，年均增长27％⑦。
3．吉林省生物工程相关产业高层次人才相对不足目前，吉林省生物技术制药产业发展迅速，但企业创新能力薄弱、仿制药比重较大；高端医学仪器设备、中端试剂和仪器一体化被国外垄断。原因之一是企业技术力量十分薄弱，缺少足够的优秀创新人才，造成核心技术往往依赖引进，受制于人。生物工程产业是高技术产业，通过对相关产业调研发现：（1）生物产业飞速发展导致人才数量缺口加大；（2）产业创新能力提升导致高端人才匮乏；（3）国内外同行业的发展差距导致人才流失严重；（4）要突破国外技术壁垒需要生物医学与机电一体化人才；（5）高技术产业经济发展对人才实践能力的要求攀升。因此，吉林省生物工程相关产业创新能力的提升和持续健康发展需要大批高层次实践创新人才。《国家中长期生物技术人才发展规划（2010－2020年）》指出，重点培养生物产业高端创新型人才、产业链关键环节专业人才；鼓励企业与科研机构、高校联合建立生物技术人才培养基地；建立人才及人才团队在企业与科研院所之间流动的畅通渠道。目前，吉林省生物工程专业硕士学位授权单位仅3所，即吉林大学、吉林农业大学、中科院东北地理与农业生态研究所。3所招生单位为吉林省生物工程产业输送了优秀人才，但在生物、医学、光学、机电一体化人才培养方面尚不能满足我省生物工程相关产业发展对人才的需求。
二、长春理工大学对生物工程专业硕士学位研究生培养体系建设的探索
1．多学科交叉融合，凝练专业特色，明确人才培养目标定位长春理工大学坚持生物、医学、光学、机电等多学科交叉融合的办学特色，结合吉林省生物医药、食品安全检测工程产业等区域产业发展规划，形成了生物医学光机电一体化技术的生物工程优势学科。涵盖三个稳定的、特色鲜明的专业方向：（1）生物医学检验工程，以国产化及自主创新的生物医学检验试剂与配套光电检验仪器一体化技术为研发目标；（2）医药用生物反应器与监测设备工程，侧重基因重组药物的通用载体生物反应器构建与应用技术，以及细胞工厂配套光电显微光电监控设备的研发；（3）食品安全检测工程，侧重食品中雌激素类、毒素、农药残留等污染物快速检测试剂与配套光电检测仪器的研发。为吉林省医药、卫生、食品、商检等企事业单位培养具有创新能力的应用复合型高层次人才。
2．优化课程体系，构建双师型导师队伍，探索三对接人才培养模式整合教学与实践优势，按照专业方向的不同，采用分类培养的指导思想，突出知识背景交叉与能力培养并重的特色，设置了科学合理的课程体系，包括必修课（18学分）、公选课（10学分）、方向选修课（6学分）三个模块，模块间遵循“夯实基础－提高能力－强化应用”的培养规律。教学团队由企业专家、国外学者和校内教师组成，企业专家讲授实践性较强的课程，国外专家学者主讲学科前沿性讲座，突出实践与前沿的兼顾。采取集体培养与个人负责相结合的指导方式，构建双师型导师队伍。导师组由具有副教授以上职称或博士学位的校内教师，和具有高级专业技术职务或具有博士学位的合作单位专家组成。形成一支结构合理、学术思想活跃、教学科研与实践经验丰富的教学团队。以实际项目为主要载体，融通基础理论教学、前沿技术和实践教学，构建“学研用”三位一体的人才培养模式。学习方式分为全日制学习方式，学制2．5年；非全日制学习方式，学制3年。培养方式为校企（行）联合培养，对于全日制学生，1年在校理论学习，半年行（企）业顶岗实践，1年结合岗位实践内容完成毕业论文；对于非全日制学生，1年在校理论学习，半年企业顶岗实践，1．5年结合岗位实践内容完成毕业论文。实现了人才培养与合作单位、生源层次、业界需求的对接，学校和用人单位的无缝连接。
3．建立校企联盟，拓展实践教学基地，全面提升人才实践创新能力专业学位研究生培养的重点在于实践和创新能力的培养，企业和行业参与高校专业学位研究生教育是保证专业学位研究生教育质量的重要手段⑧。因此，通过校企合作和优势互补，建立工程实践基地，实现研究生联合培养，已成为提升工程硕士研究生实践能力的重中之重。长春理工大学与相关企业在联合攻关、学术交流、学生就业、本科生实习等方面进行合作的基础上，建立了生物工程专业硕士培养的校企联盟。目前，与长春生物制品所有限公司、长春迪瑞医疗科技股份有限公司等15家企事业单位签署了实践基地合作协议，形成了以吉林省为中心，辐射北京、上海等地的稳定的校外实践教学基地。此外，校内建设的与该学科直接相关的实践教学平台有生命科学基础实验中心，吉林省生物检测工程实验室和吉林省中药生物工程二级实验室2个省级重点实验室，2个学校参股的集生物医学光机电一体化研发与生产的高新技术企业。目前，已投入建设经费3000余万元。校内外实践基地的建设，为学生提供了充足的实践机会，使学生在读期间能参与企业生产、关键技术攻关和新产品研发，全面提升了人才的创新实践能力和就业竞争力。
4．“产学研”联动，以科研合作为纽带，保障学位论文的先进性与实用性“产学研”合作教育的本质特征是寻求高等教育自身规律与现实社会对人才需求之间矛盾的解决⑨。通过“产学研”合作教育，实现教学、科研、生产三结合，能更有效地提高办学水平和人才培养质量，克服高等教育脱离社会实践需要的倾向，增强其社会适应能力和生存能力⑩。自2000年以来，我校先后与中国药品生物制品检定所、中国食品检验检疫研究院、长春生物制品所有限公司、长春百克药业有限责任公司、长春迪瑞医疗科技股份有限公司、吉林省紫辰光电有限公司等多家企业，联合完成了部级、省级和横向科研项目17项，累积科研经费达2000余万元。以科研合作为纽带，将科研项目立项、研发推广过程与生物工程专业硕士培养相结合，形成了“产学研”联动模式，增进了学校与企业间的合作交流。学生毕业论文选题结合专业方向、校企联合攻关项目和企业实际需求，鼓励原始创新或集成创新。学生在校内和校外导师的共同指导下，掌握了扎实的专业理论基础和先进的实践技术手段，具备了综合运用科学理论和技术方法解决实际工程技术问题的能力，保障了学位论文的先进性与实用性。
TALE只在β-和γ-变形细菌中被发现，大部分已知的TALE集中分布在植物病原细菌的黄单胞菌属Xantomonasspp.中，每个细菌中含有1至多个TALE不等()。AvrBs3和AvrBs4两侧分布反向重复序列，推测它们是基因水平转移获得(Bonasetal.,1993)。另外，水稻白叶枯黄单胞菌(X.oryzaepv.oryzae,Xoo)中利用AvrBs3作为探针鉴定了一系列TALE的T3SEs，如avrXa5、avrXa和avrXa10(Hopkinsetal.,1992)。其它菌属中也发现了同源的TALE，如茄科雷尔氏菌R.solanacearum中也有TALE(RipTALs)的报道，Brg11较黄单胞菌属中的TAL有偏好的RVDS，激活寄主含有EBE(effector-bindingelement)的基因转录促进致病(deLangeetal.,2013;deLangeetal.,2014)。伯克霍尔德菌属(Burkholderiarhizoxinica)中同源效应物(bats)E5A-W45、E5AV36被报道含有T3S分泌信号，但是缺少可识别的NLSS和转录激活区，它们的重复区和黄单胞菌属中的TALEs有差异(Schornacketal.,2013;Bochetal.,2014)。黄单胞菌属(Xanthomonas)亦称黄单胞杆菌属，是由W.J.Dowson于1939年建立的模式病原细菌，代表种有：(1)十字花科黑腐病菌(X.campestrispv.campestris,Xcc)，维管束寄生菌，引起十字花科植物的黑腐病(blackrot)，叶缘叶脉变黑，相邻的叶肉组织枯死，呈黄褐色“V”型坏死；(2)水稻白叶枯黄单胞菌(X.oryzaepv.oryzae,Xoo)，叶肉寄生菌，引起水稻白叶枯病(bacterialleafblight)；(3)辣椒斑点致病变种(X.campestrispv.vesicatoria,Xcv)，叶肉寄生菌，引起辣椒斑点病(bacterialspeckofpepper)。已报道的10大植物病原菌排行版上，黄单胞菌黑腐病致病变种占据3大席位(Mansfieldetal.,2012)，分别为：(1)丁香假单胞菌(Pseudomonassyringaepathovars)；(2)茄科罗尔斯通氏菌(Ralstoniasolanacearum)；(3)根癌农杆菌(Agrobac-teriumtumefaciens)；(4)黄单胞菌水稻白叶枯致病变种(Xanthomonasoryzaepv.oryzae)；(5)黄单胞菌十字花科黑腐病致病变种(Xanthomonascampestrispathovars)；(6)黄单胞菌地毯草致病变种(Xanthomonasaxonopodispathovars)；(7)解淀粉欧文氏菌(Erwiniaamylovora)；(8)苛养木杆菌(Xylellafastidiosa)；(9)马铃薯黑胫病菌Dickeya(dadantiiandsolani)；(10)果胶杆菌胡萝卜软腐病(Pectobacteriumcarotovorum)/黑胫病菌(Pecto-bacteriumatrosepticum)。
2.寄主抗性识别机制及TALE致病性
2.1寄主和病原菌相互作用
寄主和病原菌相互作用被认为是从PAMPs/M-AMPs(pathogenormicrobe-associatedmolecularpatt-erns)的识别开始的。病原菌的PAMPs/MAMPs相当保守，不同的PAMPs/MAMPs被定位在寄主细胞膜上的形态识别受体PRRs(patternrecognitionrecep-tors)特异性识别从而激活寄主的基础防御反应，这对植物免疫致病菌或非致病菌相当重要(JonesandDa-ngl,2006)。研究比较清楚的PAMPs包括微生物的鞭毛组分Flg22、Harpins、冷休克蛋白、脂多糖、肽聚糖和延伸因子Tu(EF-Tu)等(Kunzeetal.,2004;Nürnbe-rgeretal.,2004;Zipfeletal.,2004)。PAMPs被PRRs识别触发一个叫做PTI(PAMP-triggeredimmunity)的基础防御反应，该基础防御反应参与诱导MAPK信号通路、钙通量、产生一氧化氮和活性氧分子和激活WRKY转录因子(Nürnbergeretal.,2004;Heetal.,2006)。PTI介导的基础免疫有效地限制了绝大多数潜在的病原体的生长，是在大多数植物中广泛存在的基础防御反应(JonesandDangl,2006)。随着寄主PTI的加强，病原细菌相应地进化出了效应物激活的寄主感病性ETS(effector-triggeredsusceptibility)，即利用T3SEs抑制寄主的PTI信号达到致病的目的(JonesandDangl,2006)。与病原细菌ETS(effector-triggeredsusceptibility)相对应地，寄主则又进化出了特异识别T3SEs的抗性(resistance)基因激活免疫反应，效应物激活的寄主免疫反应称为ETI(effector-triggeredimmunity)(JonesandDangl,2006)。效应物作用和修改寄主蛋白或效应物自身被寄主抗性R蛋白(resistanceprotein)识别即诱导ETI，ETI是植物的第二级防御策略，通过胼胝质沉积加厚细胞壁、阻断维管束的运输、抗病相关蛋白的表达、氧自由基的释放和细胞程序性死亡等。植物通过不断进化的R基因响应植物致病菌的挑战，提供了监测植物病原效应物的又一途径(Chisholmetal.,2006;MaandGuttman,2008)。由于R基因的存在，ETI改变相互作用的结果从感病回到抗病。总之，病原菌和寄主互作概括起来就是三种情况：(1)微生物引发植物的PTI，植物启动防御系统，激活抗病基因的表达，如转录调控因子WRKY表达激活下游抗病基因表达，微生物不能引起致病，植物表现为抗性寄主；(2)微生物引发植物的PTI，但是微生物利用Ⅲ型效应物抑制寄主的PTI引起致病，植物表现为感病寄主；(3)微生物引发植物的PTI，微生物利用Ⅲ型效应物抑制寄主的PTI，寄主进化出一系列的监守R基因抑制效应物的作用，植物表现为抗性寄主(Chisholmetal.,2006;MaandGuttman,2008)。
2.2植物富含LRR结构域蛋白
植物的抗性R蛋白因含有核酸结合区和富含亮氨酸重复区常归为NB-LRR(nucleotidebinding-leuc-inerichrepeat)蛋白家族。这些特别的免疫蛋白介导不同的抗性蛋白-效应物蛋白识别过程和激活寄主潜在的防御反应NB-LRRs呈现多功能域结构，每个功能域依据NB-LRR信号行使不同的功能。NB-LRR的功能和相关信号的复杂度是和植物-微生物互作相对应的(Elmoreetal.,2011)。亮氨酸重复区LRRs广泛存在于真白质中，参与蛋白-蛋白互作。一般情况下，LRR功能域包括20~29个氨基酸，其保守的11个残基片段序列为LxxLxLxxN/cxL(x代表任意一个氨基酸,L代表缬氨酸,异亮氨酸或苯丙氨酸)(KobeandKajava,2001)。如拟南芥PRRs鞭毛识别蛋白FLS2，延伸因子识别蛋白EFR，及水稻中的R蛋白Xa21都分别包含一个胞外28LRRs、21LRRs和23LRRs的结构域(Songetal.,1995;Gómez-GómezandBoller,2000;Zipfeletal.,2006)。LRR蛋白的保守的β折叠和邻近的松散区域是一个11个残基的片段，其序列为LxxLxLxxN/CxL，剩下的区域可能高度不同，目前的分子模型认为20个或30个残基长的LRR区域其核心的LxxLxL序列足以构成马蹄形结构的蛋白质。目前，包括LRRs的蛋白至少有7个不同亚族，在许多重要的生理过程提供了形成蛋白质相互作用的一个通用的结构框架(KobeandKajava,2001)。PRRs激活的寄主免疫反应在植物和微生物的互作中发挥了重要的作用。随着对PRRs研究的深入，值得一提的是，关于动物免疫相关的形态识别受体PRRs的发现赢得了2011年诺贝尔奖。许多植物抗性R蛋白及形态识别受体PRRs富含LRR(KobeandKajava,2001;Elmoreetal.,2011)。PRRs富含亮氨酸重复区LRRs(leucine-richrepeats)或细胞溶酶结构域(lysin-motif,LysM)。PRRs包含受体类激酶(re-ceptor-likekinases,RLKs)和受体类蛋白(receptor-likeproteins,RLPs)，通常RLKs为跨膜蛋白，包含胞质外受体域LRRs和胞质内激酶域2部分，RLPs没有胞质内激酶域(Albrechtetal.,2012)。效应物的识别被认为是改变了NB-LRRs的构象，因而NB-LRR蛋白被释放激活下游的免疫反应的信号(TakkenandTameling,2009)。研究表明，一些核定位的NBS-LRRs的积累和激活对于植物免疫反应是必需的，如大麦(Barley)的CC-NB-LRRMLA10、拟南芥(Arabidopsis)的TIR(toll-interleukin1recep-tor)-NB-LRRs/RRS1-R、RPS4和SNC1蛋白的累积和激活都是免疫反应所必需的(Deslandesetal.,2003;Burch-Smithetal.,2007;Wirthmuelleretal.,2007;Chengetal.,2009)。
2.3TALE与R基因识别
在植物-病原菌互作过程中，存在基因-基因的识别现象，当植物中有抗性(Resistance,R)基因与病原菌无毒(Avirulence,Avr)基因相对应识别时，植物表现出非亲和互作的抗性；反之，植物-病原菌缺乏这种基因-基因识别时，寄主表现出感病症状。病原菌的致病性和无毒性取决于Avr蛋白的这种两性分子(bi-functionaleffector)的特征。许多报道表明，抗性寄主利用R基因监测TALE至少有3种策略(Schornacketal.,2013)：(1)R基因编码蛋白作为诱饵陷阱直接与TALE结合，寄主产生过敏反应，如AvrBs3与Bs3之间的识别；(2)突变TALE靶基因需要的通用转录因子，阻止转录，如水稻中含有xa5隐性基因的抗性机制(Schornacketal.,2006)；(3)突变TALE靶基因的启动子区阻止TALE的结合；(4)监控TALE基因启动子区模仿TALE靶基因的EBE序列，激活监控基因，启动植物抗性。植物监控病原菌的效应物主要通过富含核苷酸结合位点的亮氨酸重复区(NBS-LRR)的蛋白来识别。然而对于TALE的识别机制较少，目前仅有关于番茄中的富含NBS-LRR的Bs4蛋白是通过该机制来识别AvrBs4。由于Bs4蛋白N端含有TIR结构域，还能识别Hax3和Hax4这类的TALE(Kayetal.,2005)。Bs4蛋白识别的具体机制还不清楚，但有研究发现，在植物体内过量表达AvrBs3也能激发Bs4蛋白依赖的过敏反应(Schornacketal.,2005)。另一个识别TALE的例子是水稻抗白叶枯病菌Xoo基因xa13，xa13编码一个蔗糖转运家族蛋白(SWEET)，其抗性表现在启动子区一个小区域的多态性，导致TALEPthXo1不能与其启动子区结合，进而影响水稻白叶枯病菌Xoo生长所需碳源(Chenetal.,2010)和铜的再分配(Yuanetal.,2010)。水稻Xa27编码113个氨基酸的蛋白，启动子区有TALE结合位点，赋予水稻对具有AvrXa27水稻白叶枯病菌Xoo及非维管束致病菌水稻细菌性条斑病菌Xanthomonasoryzaepv.oryzicola(Xoc)的抗性(Hummeletal.,2012)。最近有报道称，Xoc中的TALEsTAL6和TAL11a可抑制水稻R基因Xa7对Xoo中TALEAvrXa7的识别，这是首次关于TALEs可作为植物防御反应的抑制子，而缺失C端则无抑制作用，表明TAL6和TAL11a的转录激活寄主基因需要抑制作用(Jietal.,2014)。另一个TALE靶标是植物转录因子。在Xcv85-10感染辣椒后研究依赖AvrBs3的转录谱时发现超过20个靶基因，命名为UPA(upregulatedbyAvrBs3)。upa20其编码产物是一个bHLH(basichelix-loop-he-lix)家族的转录激活子，该转录激活子是AvrBs3诱导的植物细胞过度生长的关键调控蛋白。AvrBs3导致叶肉细胞的肥大，在感染后期阶段也可能会支持细菌释放到植物表面(Maroisetal.,2002;Kayetal.,2007)。在柑橘溃疡病X.citri中也有类似报道，溃疡是由几个各异的XcTALEs诱导转录因子CsLOB1形成(Huetal.,2014)。Xoc中首次发现TALETal2g诱导寄主水稻中一个硫酸盐转运子(Cernadasetal.,2014)，硫酸盐是否限制Xoc的生长或是其它机制仍不清楚。该研究还指出，Tal2g诱导多个寄主基因表达，但是对病原菌致病关键的基因只有1个直接的S基因，其它被诱导的基因可能是附带的效应(Cer-nadasetal.,2014)。有趣的是，Xoo和Xoc中的TALEs寄主靶标没有重合的，Xoo中多个TALEs靶标都是SWEET家族基因，而Xoc中26个TALEs没有一个靶标是SWEET家族基因(Cernadasetal.,2014)。
3.TAL在植物抗病上的生物工程应用
鉴于以上的植物识别TALEs的机制，及TALE的生物学特性，科学家们开始设计新的植物抗性策略，从各方面击破病原菌的攻击，赋予植物新的抗性。TALE通过启动子模块识别激活R或者S基因，启动下游基因，引起非寄主过敏反应或促进病原菌致病。启动子的模块易于被基因工程所利用，目的在于使植物获得新的抗性。
3.1改造抗性R基因监控
TALEs富含亮氨酸重复区的抗性蛋白Bs4能识别多个TALEs，可以通过特异性高表达Bs4等抗性基因，增强植物的抗性。另外，研究表明体外突变抗性基因Rx的LRR区，会增强植物对效应物的识别特异性(FarnhamandBaulcombe,2006)。利用这一特性，基因工程改造Bs4基因LRR区可能增强其识别TALE的特异性和亲和力。
3.2突变易感S基因的启动子区
TALEs通过RVDs识别特定的植物靶基因启动子区，水稻抗性基因xa13，其对水稻白叶枯病菌Xoo的抗性表现在启动子区一个小区域的多态性，导致Xoo中TALEPthXo1不能与xa13启动子区结合，进而影响Xoo生长所需碳源(Chenetal.,2010)。利用基因工程将不敏感的基因xa13启动子区整合至易感S基因启动子区，使植物获得新抗性。这一方法在易感S基因Os11N3基因上应用成功，获得了水稻白叶枯病菌Xoo的抗性。另一个例子是，增加一个易感S基因的等位基因，这个等位基因的启动子区对于TALEs不敏感(Lietal.,2012)。这一方法需注意：植物中的靶基因无其它未知功能且没有冗余的拷贝；启动子区的改变不能影响看家基因的功能；该靶基因对病原菌的致病性至关重要，最好能抗多个TALEs(Schornacketal.,2013)。S基因的激活对于促进病原菌的致病至关重要，突变S基因的启动子区是对大多数的TALEs比较有效的方法。
3.3增加抗性基因启动子区
EBEs陷阱利用抗性基因xa27和Bs3的启动子区陷阱，即用生用工程的方法体外合成一个或者多个TALEs结合的EBEs位点至监控基因的启动子区，使得转基因植物在病原菌感染过程中注入TALEs时，迅速识别启动抗性反应。这一方法成功的例子是在Bs3基因上，通过在启动子区增加2个EBEs位点，一个是辣椒斑点病致病变种X.euvesicatoria中TALEAvrBs3Δrep16的RVDs部分突变识别区EBEs位点，另一个是水稻白叶枯病菌Xoo中的TALEAvrX-a27的EBEs位点。结果表明，融合启动子区的Bs3表达构建在烟草Nicotianabenthamiana上瞬时表达能够增强寄主的识别能力(R觟meretal.,2009)。还有在启动子区增加6个EBEs的成功报道，通过在Xa27基因上分别增加3个水稻白叶枯病菌Xoo和3个水稻细条病致病变种X.oryzicola中的TALEs的EBEs，转基因植株具有这2种病原细菌的抗性(Hummeletal.,2012)。
3.4筛选新的监控基因
与已知的NBS-LRR抗性基因对比，在不同植物中存在上千个这样的抗性监控基因(Lietal.,2010)。利用深度测序RNA-Seq从辣椒Capsicumpubescens中鉴定并克隆TALEs激活的Bs4C的方法为鉴定更多新的监控基因提供了基础。对于某些情况下，需要减慢或加速过敏反应，可以从调整监控基因的数量或者类型方面进行生物工程改造(Strau覻etal.,2012;Schornacketal.,2013)。目前，有4个R基因被克隆：辣椒CapsicumannuumBs3(R觟meretal.,2007)，辣椒C.pubescensBs4C(Strau覻etal.,2012)，水稻OryzasativaXa10(Tianetal.,2014)和Xa27(Guetal.,2005)。筛选和克隆更多的植物NBS-LRR抗性基因，可以为生物工程改造提供更多的抗性资源。3.5生物工程改造获得新抗性利用TALEs识别位点和限制性内切酶融合表达，定点改造基因组，将会是成本低廉、特异性识别更强的手段(Schornacketal.,2013)。植物的利用富含NBS-LRR的抗性R基因监控病原菌的效应物，监控的有效应性依赖于效应物的保守性，对于病原菌越重要的效应物，R基因的识别越容易因该效应物的突变或丢失而失效，开发更多R基因对于增强和持续的识别是关键。许多植物病毒是DNA单链病毒，极少数是双链的。而单链病毒在复制增殖过程中形成DNA双链，利用TALEs特异的DNA双链识别特性，体外合成特异识别的模块，可用来防治植物病毒病。植物-病原菌互作是一个持续的进化过程，当病原菌一方通过消除或改变特定的效应物进化避开寄主的监控，意味着寄主的R基因系统被打败。寄主通过R基因互补的改变等才能恢复其抗性。如马铃薯NBS-LRRR3a介导识别致病疫霉菌Phytophthorainfestans的AVR3a效应物，AVR3a通过变异逃过R3a的识别(Vleeshouwersetal.,2011)，而R3a被Se-gretin&Kamoun发现通过单个氨基酸的变异重新恢复识别变异的AVR3a(Schornacketal.,2013)。利用点突变的R基因获得高抗性的寄主植物。
4.结论
除了授课过程中“与时倶进”地讲授最新的研究进展和科技前沿知识外，我们在教学实践中根据本课程的教学内容和教学特点，设置或鼓励学生自己寻找与教学目标和教学要求相适应的、注重理论研究和解释实际的课程论文题目，引导学生尝试探索某个知识点的历史起因、研究现状和前景展望，激发其学习兴趣和求知欲望，取得了较好的教学效果。
一、设置课程论文及答辩的重要性
通过调查，选择生物工程基础课程的学生来自各个专业，知识面背景不同，有不少学生从未接触过相关领域的课程，许多是怀着好奇心理来上这门课的，还有的学生只是单纯地来混混学分，被动来听课的。在这种情况下，教师必须要抓住学生的学习兴趣和求知欲望，否则课堂气氛不好，学习风气不理想，会导致教学效果不佳。因此，必需摒弃传统的教师讲、学生听的缺乏互动的教学模式，因为这种模式无助于学生独立思考和动手的素质及其能力的形成。
设置课程论文及答辩进行教学或者考核，能够成为培养学生独立思考判断能力跨出的第一步，也是重要的一步。重要的是培养学生思考和判断的能力，所以考核学生的成绩主要看学生是否能独立查阅文献、认真思考，并且言之成理地写出来，结论即使稍有偏颇也是允许的。同时，学生只有具备独立的思考判断能力和获取知识的能力，才能在终身教育过程中面对日新月异的世界，不断实现知识的更新，实现从学会知识到学会学习的飞跃。
二、课程论文及答辩的实施方式
(一)课程论文选题
选题是开展研究的第一步，直接决定着课程论文的质量和结果。因此，我们在教学过程中，注意理论联系实际，有意识地介绍本课程相关研究领域的热点问题和前沿研究动态，启发学生对问题的思考，培养研究性学习方法。学生根据自己的思考和兴趣，将自己的选题范围报上来，经过筛选和课堂讨论，确定最终的课程论文选题和目标。通过这种方式，学生会感到自己受到了重视，并且会将课堂所学理论知识和自己的生活实践与思考心得结合起来，满怀信心和热情地投入到选题后的研究中去。
(二)查阅文献
教师要让学生明白“不查文献不做学问”的重要性，要求学生广泛地阅读相关书目查找各种资料，并进行仔细地分析、辨别，使知识和能力趋向统一。要把某个问题讲清楚，学生必须综合运用该课程或其他课程所学过的基本理论和基础知识。学生须熟练掌握利用图书馆、网络资源查阅国内外某个研究问题的过去、现在和将来的本领，贴”。只有充分地了解了前人的工作，才能胸有成竹地撰写自己的课程论文。
(三)课程论文撰写
因为许多大学生没有撰写课程论文的经验。我们在教学过程中会拿出几篇撰写规范的论文给学生讲评，告之如何将所见所想用科技论文语言来表述，如何安排符合逻辑思维的论文结构和层次，甚至逐词逐句地帮学生确定题目、摘要、关键词、段落层次和结论的书写，从而培养学生严谨的研究表达思维，锻炼初步的论文撰写能力。另外，教师也会将那些不规范的论文展示给学生看，结合历史上因为论文不规范而科研失败的实例，让学生懂得细节的重要性，写出比较规范的课程论文来。
(四）论文评价和交流
学生要想写好自己的论文，必须经过课堂的讨论和交流，对比差距，查找缺漏，更好地完善自己的课程论文。任课教师一定要注意导向，这对保护学生的学习热情和端正态度很重要，因此就不应该轻易地否定某一个同学的研究工作。如果他确有缺点和不足，教师要提出改进的措施和方式，让学生意识到错误的所在，对进一步的修改进有清晰的认识。同时，教师还应积极引导学生自己评自己，通过传阅其他同学的论文，客观评价自己，交流心得，做到知己知彼，不断提高自己。
(五)课程论文答辩
论文答辩是课程论文的重要一环。良好的语言表达能力和沟通能力会让学生将自己的课程论文成绩展现给大家看。这要求学生精心准备材料、课件和图片，努力在限定时间内将自己复杂枯燥的研究用简单热情的语言表达出来，富有感染力地激发听众兴趣。答辩过程中，更考查学生对知识的掌握能力和认知深度，鼓励其他学生都来当答辩委员会成员，只要与课程论文有关的问题都可以提出来，以此活跃课堂气氛，深化理论学习。教师的点评很重要，应从论文的选题质量、论文的理论性与科学性、论文的写作水平、论文答辩表现4个方面进行评价，做到公正和公平，又不失趣味性。
三、设置课程论文及答辩的教学效果
(一)调动了学生学习积极性
这一点最值得一提。学生充分发挥了自己的学习热情后，在选题过程中，许多学生就会将目光投向当前研究比较热点的胚胎干细胞、转基因食品、克隆技术、发酵产业等。特别是2007年11月最新的诺贝尔生理或医学奖揭晓后，学生对获奖领域的“胚胎干细胞和哺乳动物DNA重组”内容产生了浓厚兴趣，我们在教学过程中，抓住这一点，对细胞工程和胚胎干细胞工程理论进行了详细地讲述，引导学生主动查阅和搜集相关文献资料，了解这一生物工程的前沿进展。在确定选题时，就有学生将重点放在了胚胎干细胞的伦理道德方面，建议开发其他组织代替胚胎开展干细胞研究。而在2007年11月20日日本和美国有两个研究小组成功地将人皮肤诱导为类干细胞后，有学生喜出望外地打电话告诉我，仿佛这一研究成果是他做出来一样，由此可见学生的积极性有多高。
(二）启发了学生和教师今后的研究
教学相长，这一点在通过课程论文及答辩的教学尝试中得到了体现。很多时候，任课教师由于长年的教学或科研，思路比较受局限。在做课程论文及答辩的进程中，教师因和学生一起探索了某个科研进展，从而激发了许多新的研究思路，为课程教学注入了新鲜的活力。比如，从细胞融合技术上，有学生结合自己玩网络游戏的经历，提出了“人兽杂交”的选题，并通过深入调研，总结了人兽杂交的历史背景、研究意义和进展，既很吸引眼球，也对这一领域的发展趋势和监管方面提出了许多独到的见解，值得教师和其他学生深入思考和研究。
(三)提高学生的综合素质
撰写课程论文是提高学生综合素质的有效途径。课题选择过程中，学生广泛阅读，能増强其发现和提出问题的能力；搜集信息、资料利用的过程，能提高其掌握文献检索的能力、计算机应用能力、社会交往的能力；解释资料的过程能锻炼学生的理论联系实际、综合分析、抽象概括的能力；撰写论文和论文交流答辩的过程能提高学生的写作能力、语言表达能力、归纳总结能力。学生参加了答辩后，认为自己敢于在大家面前表达自己的观点了，这对于其将来提高演讲能力、普及科学知识、参加毕业答辩都有良好的助益。
1.相应的学科应该与学校转型相适应
在进行学院转型和专业教学改革的过程中，需要遵循重要原则是相应的学科与学校转型相适应，首先各个专业教学的改革要与学校转型的程度相一致，只有这样具体的专业调整才能够和学校相适应，有效地借助于院校的优势进行专业教学的改革。另外，学科的发展和改革离不开学校转型的帮助，只有遵循学校转型的规划和方向，才可以实现有效的学科规划。总而言之，两方面都是息息相关、相辅相成的，只有两者积极配合，才能够实现有效的教学改革和教学实践。
2.学生特点与专业改革相融合
在进行教学转型和教学改革过程中，还要能够实现学生特点和专业改革的融合。因为学生是教学的主体，无论是专业教学还是院校的转型，学生永远是这些活动的中心。如果学生无法适应这些教学的改革，无论改革理念有多么先进，这些改革注定是要失败的。所以，在进行教学改革和教学转型时，必须要实现学生与教学的一致，实现学生能力、学生特点与教学理念、教学改革的相统一，只有如此，才能让后续的工作按照既定的方向和目标进行下去。
二、生物工程专业在教学转型过程中存在的问题
1.学科定位、专业设置不够合理
生物工程专业在教学过程中出现的一个突出问题是学科定位、专业设置不够合理，这阻碍了教学的进步。地方院校生命科学院设置的生物工程专业的课程设置、学生数量、就业状况、存在的问题，课程比例不协调，一般课程和专业课程的比重不够和谐，往往容易造成专业课程稀少，一般课程较多的现象，不利于学生专业能力的提高；学生数量不稳定，每年的招生计划不够稳定，这必然不利于对人才的培养；在就业上，由于学生素质、教学质量、教学体系的不够完善，使得就业也成为了一大问题。
2.教学理论与实践矛盾突出
在教学中出现的另外一个问题是教学理论与教学实践的严重脱节。教学与实践脱节、教师与实践脱节、课程设置与实践脱节等现象的产生，使教学秩序混乱，理论化过于严重，实践性很差，这必然不利于学生本身的成长。可见，理论和实践的突出矛盾是影响教学改革的突出因素。
3.教师考核方式不灵活阻碍教学转型
教师的考核方式不灵活也阻碍了教学改革及院校的转型。在很多的考核中，考核方式单一模式化，这在很大程度上影响了教师主动性的发挥和创造力的培养，抑制了教师的活力和激情。目前对教师的主要考核方式还停留在对单纯的课堂讲授、教案等纯理论上的考核，在教师职称的评定方面也是唯科研项目和是好，所谓教学成绩的评定也是纯纸面上的指标。单一的考核方式让很多教师不得不去为了应付相应的“政策”做一些无用功，很少有自己的精力和时间去研究教学，无法和学生展开深入探讨和分析，这对于教学实践和教学改革是相当不利的，只有加速教学改革，深入院校的教学转型，才能够不断地提高教学质量，为国家和社会培养出更多优秀人才。
4.学生的综合能力无法满足教学改革的需要
学生的综合能力无法满足教学改革的需要是一些院校转型过程中面临的重要问题。由于学生是所有教学活动的主要力量，学生的参与是教学活动的根本。学生缺乏能动性和动手能力与创造力等问题严重影响到了教学的改革。如果学生的综合素质无法满足教学改革的条件，那么所有的教学转型和教学改革将不能得到深入开展和实践。我们要清楚地看到，学生缺乏能动性和创造力的根本原因所在，归根结底是我们的教学体系、制度存在不少问题。所谓“一代新人赶旧人”，我们要始终相信学生的潜力是客观存在的，关键是看培养机构有没给他们提供发挥潜能的机会与平台。因此，要想实践生物工程专业教学改革和院校的有机转型，就必须首先提高学生的主观能动性和动手能力，提高他们的潜在素质，提高他们的根本实力，适应教学改革。
三、如何实现地方院校生物工程专业教学的改革及转型
1.学校加强顶层设计，从整体上把握改革方向
实现生物工程专业教学的改革和院校教学转型，首先要站在学校的立场加强顶层设计，从整体上把握教学改革的方向。广泛听取学生、教师、和社会需求的呼声，在管理制度，对教师考核晋级，对学生学习效果的考核方式、培养与就业模式等方面做出制度性的改变。改变传统、落后的教学形式和管理制度，站在人性化的立场进行分析，结合时代的要求和素质教育改革的根本需要来确定改革的方向，科学、理性地把握改革目标，力求实现成功的教育转型。
2.彻底改变课程设置与教学模式
要彻底改变原有的，不合理的课程设置方式和教学模式，调整理论课和实践课的比例，不断地强化素质教育，特别是对生物工程专业来说，要逐步改变重理论课、轻实验课，重闭卷理论考试轻动手操作、设计能力，重课堂轻社会实践等种种弊端。建议大学学习全程开展理论占三分之一、实验课三分之一、工程实习三分之一的时间分配的教学模式，不断强化实践课的学习，在这个过程中不断地增强学生的动手能力和实际操作能力，提高他们的创新能力和思维能力，只有这样才能够让学生在以后的人生走得更远。
3.加快师资结构与教师队伍的转型
加速师资结构的调整和教师队伍的转型，首先要考虑不断地聘请科研一线、生产一线、管理一线资深人员进课堂讲课，培养理论实践结合型教师队伍；其次，加强对在编教师的引导和时间能力的培训，尤其是对年轻教师的引导和培训，他们充满激情与活力，精力充沛，干劲十足，要鼓励他们多下企业，沉到生产一线，打造一批精干的实践与理论结合型教师队伍。这首先需要学校从对教师的评价制度方面进行引导，这样才能真正凑效。对于那些多年来一直以理论教学为主的老师，应该让他们继续开展理论教学活动，因为要改变他们往往较为困难。对于年轻的教师来说，要加强对他们的重点培训，让他们在懂理论的基础之上增强自己的实践能力和动手能力，不断地提高他们自身的素质。只有这样，他们在教学中才能够做到游刃有余，为学生进行有效指导，从而提高学生的学习效果，促使他们进步和成长。
4.学校加强学生实践基地建设
生物工程专业对学生的动手能力和实践能力都有很高的要求，因此，要想增强学生的实践能力，可以加强学生实践基地的建设来实现。就学校而言，可以与社会上的企业进行合作，让学生有地方实习，有机会练手，或者可以定期组织学生到相关的单位进行学习和锻炼，不断地强化学生的实践能力。不仅如此，学校也可以增设实验室，给予学生充足的课外空间，给他们足够的实践机会进行学习和锻炼。总而言之，只有加强学生的实践能力，才能够从根本上促进他们成长，为他们以后的工作打下良好的基础。
5.改革对教师的评价方式
教师是教学活动的中坚力量和灵魂所在，要改变传统错误的教师评价方式，尤其要改革职称评审中重课题、论文和课堂教学的纯理论式的评价方式，从评价机制上激发教师转型的积极性。这势必存在一定的困难，因为职称评定是省一级行政部门主管制定政策，单靠学校很困难。所以很多问题可以探讨，但实施很难。另外，教师也要提升个人的内在自觉，不断地强化他们的软实力，塑造高贵的灵魂和较高的社会责任感，增强个人的责任意识和奉献精神。总之，要善于从多方面来加强对于教师的培养，不断地进行师资的整顿和教育，只有这样才能够促使教学以更加积极健康的姿态成长，培养更多优秀的人才，为国家和社会贡献自己的力量。
四、结语
近年来随着社会对高校大学生提出的工程实践能力的需求越来越高，高校对大学生这方面的能力的培训也越来越受到重视，从而对教师就提出了更高的要求，学校也在探求培养具有较强工程实践能力的师资队伍的方法，比如送教师参加各种培训，但总体看来，效果不是太好，多数只是停留于形式，很多好的想法无法真正落到实处。主要是由于高校没有一套行之有效的针对高校教师实践能力培养的政策和保障机制。对于教师有无工程实践能力无考核评价的标准，在职称评定，教学评优，科研工作量考核等方面，未将这一项纳入目标考核，因此教师看中的是学校要求的指标，学校没有硬行规定的一般教师也不会重视，教师中普遍存在重理论、轻工程实践现象。同时学校对于工科教师工程实践能力的缺乏和提高，没有相应的奖惩机制，无法调动教师对于提高工程实践能力的积极性。另外，现在学校扩招之后，在校生的规模迅速扩大，师资严重不足，教学任务繁重，青年教师进校后就承担大量的教学任务，同时学校还有科研任务的考核，使得这些青年教师没有足够的时间和精力去提高工程实践能力，从而形成恶性循环。
2提高工程实践能力的方法探索
四川理工学院生物工程学院作为地方工科院校，培养的是具有工程专业技术人才，因此一直以来非常重视学生工程实践能力的培养，针对新进教师没有或缺乏工程实践能力的现状，积极采取措施，形成了一套行之有效的培养青年教师工程实践能力的方法，为培养卓越工程师提供了保障。
2．1企业挂职锻炼企业是最直接培养工程师的摇篮。选派教师到企业去挂职锻炼是提升工程实践能力最直接的方法。对于地方工科院校，为地方经济服务是我们这类高等院校的职能之一。我院与地方企业，比如泸州老窖股份有限公司、保宁醋有限公司等十余家企业有着长期的良好合作基础，学院的一些老教师也被聘为这些公司的顾问，因此通过这些途径，我们将青年教师有目的的选送到这些企业进行为期6－12个月的挂职锻炼，这些青年教师通过在这些企业做挂职锻炼，对企业的感性认识上升到理性认识，不仅仅是工程实践能力的提高，在管理水平等其他方面也得到了锻炼。
2．2岗前培训对于新进教师，在上岗之前进行相关的培训是提高教师素养必不可少的环节。对于工科院校，特别是在毕业环节中对于学生的毕业设计要求必须占有较大的比例。这就要求教师必须有工程实践经验才能去指导学生。因此我们首先组织新进教师到企业参观，同时还请有工程实践经验的老教师做相关的培训，并建立建立青年教师导师制，由学校内经验丰富的老教师来担任指导老师，定期对青年教师的教育教学实践等方面进行指导。
2．3指导校外实习对于工科学生到工厂实习是实践教学不可缺少的环节。对于新进教师由于来自不同的学校或不同的行业，因此对我校原有的一些实习基地不熟悉，对这些工厂的生产情况也不太了解。我们由有经验的老教师和新进教师组成校外实习指导小组来指导学生实习，一方面新进教师可以跟老教师学习如何带实习，另一方面老教师在给学生安排实习任务的时候其实也是在给新教师安排实习任务，让新教师在这些厂里面去深入学习，向工厂里工程实践经验丰富的师傅请教，提高自己的工程实践能力。
2．4指导课程设计、毕业设计课程设计及毕业设计是培养学生综合运用所学理论与技能分析解决实际问题的能力，全面、系统、严格地完成工程设计基本训练的重要实践教学环节，它不仅能提高学生能力，同时对教师的能力提升也是行之有效的途径。毕业设计的题目可以和教师的科研有机的融合，这样既锻炼了学生的工程实践能力，又督促教师对新的问题进行思考和再学习。对于常规的课程设计，我们也是采用“老带新”的方式，让没有工程经验的青年教师跟着老教师学习;对于毕业设计题目则主要采用和教师科研相结合的方式，近年来我们有80%的设计题目是源于教师的科研，很多教师的科研项目都是和学生共同完成的，这大大促进了教师和学生的科研积极性。
2．5指导实验通过动手做实验，教师才能了解本专业对于实践能力的要求，熟练掌握本专业所开设的实验。通过参与实践教学环节的指导，一方面可以发现自己存在的问题和具体专业实践能力的缺乏，及时学习提高，另一方面也可以发现学生在实际应用中通常可能存在的问题，以便在今后的教学中可以有针对性地强调和解决。新进教师对于以后是否会带实验课，学院都要求先到实验室实习，通过准备实验及动手实验，了解实验室有哪些仪器设备，这些仪器设备是如何进行操作和管理的，这样也有利于教师指导学生实验，同时也有利于教师在进行科学研究时能根据学校现有的条件来制订实验方案，有效的利用现有的资源来完成相关的研究课题，做到有的放矢。
2．6依托学术团队和研究平台、参与横向科研课题企业提出的研究课题一般是市场需求的、企业亟待解决的、多学科交叉的问题，具有较强的应用前景，在一定程度上代表着学科发展方向。如果青年教师参与到这些课题中就可以站在学术前沿，并且有学科知识渊博的资深专家学者和工程实践经验丰富的专业技术人员给予指导，有企业研发团队的支持，这些完全可以促使青年教师不断优化自己的知识结构、能力结构，不断拓宽学术视野，将理论性与应用性、学科的单一性与交叉性、学术研究的严谨性与实际工作的灵活性融会贯通，提升自己的科研能力，锻炼自己的实践能力，积累工程实践经验。生物工程学院于2012年专门成立了科研团队，要求科研团队中必须有合理的人员结构，青年教师要加入到团队中，在团队中得到成长，同时充分发挥老教师的引领及指导作用。同时生物工程学院还拥有“酿酒与生物技术四川省重点实验室”，“国家固态酿造工程中心”等重点科研平台，依托重点科研平台，搭建了适合生物工程专业教师进行工程训练与创新培养的科研与教学平台，这都使得教师的工程实践能力得到了极大的提高。
2．7参与行业的会议交流、短期培训通过参加生物工程行业各个专业委员会的会议以及有关的短期培训，有利于教师获取最新的市场动态信息;了解行业生产中遇到的问题及相关的解决方法以及可能存在的解决方法;同时了解市场上新产品利益特征;近年来我们选派了青年教师参加了“生物技术工业高峰论坛”、“全国及省调味品行业协会工作会”、“乳酸菌与健康国际会议”等，教师在这些培训中获益匪浅。
2．8选派到企业做博士后依托企业博士后工作站，让青年教师深入生产一线，发挥专业特长，有针对性地主持产品研发、从事科研攻关，把理论知识和具体的生产实践需求相结合，这要更能有效的锻炼教师的工程实践能力。泸州老窖股份有限公司、剑南春股份有限公司这些和我们学院具有良好合作基础的企业都有博士后工作站，我们鼓励青年教师到这些工作站去工作，现已有2名博士从站里出来并在工作岗位上发挥重要的作用，我们还将继续派出更多的博士到企业去做博士后，为我们以后的工程师摇篮提供有力的师资保障。
2．9参与实验室建设近年来学校对我院的工程实践教学方面的投入资金不断地加大了，相继建成了“食品与发酵工程实验教学中心”、“天然产物提取实验室”、“果酒酿造中试车间”、“清酒酿造实验室”、“调味品酿造实验室”等相关专业教学与研究中心，同时学校还在建设二期工程，进一步加大实验场地及设备的投入。在这些教学与研究中心的建设过程中，我们邀请青年教师积极参与验室整体规划，仪器的调研、采购和安装及调试等。一方面在实验室建设过程中教师更了解实验室的设置、仪器的性能，另一方面在实验教学过程中能给学生透彻地讲解，也利于开设新的实验项目。同时通过辛勤劳动的付出，他们更能懂得珍惜和爱护这些设备，使设备能充分发挥其作用。
2．10指导大学生课外科技活动课外科技创新活动是培养学生科技创新精神和科技创新能力的重要载体，是实现科技创新教育目标的重要方式。当前我国有大量面对高校大学生开展的课外科技活动，在高校的“第二课堂”中占有重要的比例比如挑战杯，国家、省和学校的大学生创新基金，这些都要求指导教师要有较高的教学水平、科研创新能力，这样才能引导学生研究问题、帮助学生解决创新活动中遇到的问题的能力。同时在指导学生进行课外科技活动中能进一步完善自身知识结构，改进思维方式，研究新情况，解决新问题，指导教师的教学水平和实践能力的提高也有极大的促进作用。近六年来，获学校审批大学生课外科技活动项目110余项(其中泸州老窖科研奖学金项目共立项29项)，共发表学术论文142篇，有30多人次在校内获奖，推荐的优秀成果参加全省和全国的“挑战杯比赛”，有5个项目25人次获奖。生物技术与工程协会荣获第四届“全国高校优秀社团”荣誉称号。这都极大了锻炼了教师的工程实践能力。
3结语
1.1材料及仪器原材料：红糁、汾酒大曲、FJ-5酵母菌（生香酵母）。仪器设备：Agilent7890N气相色谱仪，美国Agilent公司；UV-5200紫外分光光度计，上海精密仪器有限公司；ENLOG-TMEX-T自动温度记录钮扣系统；傅立叶近红外光谱仪InfraxactLab。
1.2酵母菌培养基活化培养基：黄豆芽10g、葡萄糖5g、水100mL、琼脂1.8g、自然pH值。富集培养基：黄豆芽10g、葡萄糖5g、水100mL、自然pH值。
1.3分析方法总酯测定：按GB/T10345—2007方法进行。乙酸乙酯测定：利用Agilent7890N气相色谱仪进行检测。色谱条件：进样口温度230℃，载气He（99.999%）；恒流1.0mL/min，分流比50:1，进样量1uL；程序升温，初始温度60℃，保持1min，以5℃/min升至155℃，再以3℃/min升至180℃，保持10min。感官品评：按照标准感官分析方法GB10345-2007进行。
1.4实验步骤在公司同一个实验班组上进行，以保证实验过程当中工艺操作的一致性。实验分4组实验进行，以正常大生产为对照。实验组间除了FJ-5菌液（OD值为1.6～1.8,620nm处测定）用量不同外，其它因素全部相同。各组实验配料、堆积时间、堆积规格等参数结果见表1。每个实验组分别连续重复实验5d，其他未涉及工艺参数参照汾酒传统工艺执行。
2结果与分析
2.1发酵品温变化规律白酒酿造过程酒醅品温变化规律或是紊乱能够直接反映材料发酵情况是否正常。而发酵材料当中酵母菌、细菌等功能微生物有序代谢、有序放热正是酒醅品温有规律变化的一种内在驱动。从图1中各实验组品温的变化来看，堆积过程中，实验4组的最高品温变化可达到36℃，超过了酵母菌最适宜的生长温度。而实验1、实验2、实验3三组在堆积过程当中的最高品温并未超过33℃。而且实验3组的最高堆积品温要比实验1和实验2组高出2℃～3℃。分析可能实验3的酵母菌强化剂量与材料堆积规格的匹配对于提供酵母菌适宜的生长代谢温度较其他3个实验组更加合理所致。发酵进入地缸以后，除实验4组明显没有遵循汾酒发酵“前缓、中挺、后缓落”的品温变化规律外，其它实验组均与正常大生产酒醅表现出相似的品温变化趋势。而且由于实验组材料有前期堆积富集微生物的过程，所以整体上来说实验组特别是实验1和实验3组材料的顶火时间要比正常大生产要长2～3d。
2.2堆积发酵过程中酵母菌数量分析材料堆积过程中一方面可以提供酒醅本身携带的酵母菌一个有氧环境，使其进行数量的大量繁殖；另一方面，通过堆积，也可网罗一部分空气当中的酵母菌[9]。通过微生物平板培养计数，结果如图2所示。图2结果表明，实验4组由于堆积过程当中堆积温度超出了酵母菌最适宜的生长温度，导致在堆积过程当中，其酵母菌数量最高仅达4.15×106cfu/g，远远低于实验1、实验2、实验3组中酵母菌的数量。其中，实验3组当中酵母菌富集效果最好，达到了3.72×108cfu/g，结合图1中的品温情况，说明要保证后期发酵材料的较高的顶火温度和较长的顶火时间，前期的堆积过程必须控制好堆积温度，堆积温度最好不要超过酵母菌等微生物的最适生长温度。
2.3在制品（15对时）酒度、出酒数量对比清香型白酒酿造过程当中，7~15对时这个阶段，是酒精发酵的主要阶段，15对时之后，随着酒醅中酒度、酸度的积累，对大多数酵母菌生长代谢造成负面影响，一般酒醅中酒精含量变化不是很大。所以15对时的酒精度可代表酒醅发酵过程当中整体酒精生成量的多寡。图3中数据可以看到，实验组15对时酒精度均低于正常大生产。通过t检验显著性分析，其中实验1、实验2、实验3组分别与正常大生产15对时酒度在0.05水平下p值（0.23、0.45、0.28）均＞0.05,差异性不显著。而实验4组酒醅15对时酒度与正常大生产显著性分析p值（0.03）＜0.05,差异性显著。分析实验1、实验2、实验3组酒醅15对时酒精度略低于正常大生产的原因在于实验组在堆积过程中散失了部分水分有直接关系。而实验4组酒醅产酒精量较少可能是由堆积过程中过高的堆积温度杀死了一部分产醇酵母菌所引起的[10]。出酒数量方面，各实验组最终出酒数量多寡基本与15对时酒精度的对比情况一致，结果见图4。
2.4原酒总酯、乙酯/乳酯比值及感官品评结果
2.4.1原酒总酯、乙酯/乳酯比值结果分析原酒中总酯含量的高低在很大程度上决定了酒液放香特点是否良好，此外，汾酒中乙酯与乳酯的比例对于保证清香风格有重要作用。目前清香白酒的生产实践表明，适当提高乙酯与乳酯的比例对于酒体品质的改善有十分积极的作用。从图5中数据可以看到，4个实验组中实验3组所产原酒总酯含量最高，可达8.3g/L，比正常大生产的4.7g/L高出76.6%。而实验1和实验2组总酯含量相当，分别是7.3g/L和7.5g/L。其中，实验4组在四个实验组中总酯含量最低，但比正常大生产也高出19.1%。这说明堆积发酵结合生物工程技术强化生香酵母的方法是一种切实可行的提高汾酒总酯含量的方法。从图6中各实验组及对照组乙酯/乳酯的比值数据可以看到，通过实验组乙酯与乳酯的比值均有不同程度的提高，其中实验3所产乙酯/乳酯比例提高最多，高达1.5。
2.4.2实验组感官品评分析根据1.3方法对各实验酒样进行品评，结果见表7。结合表7描述，可以看到实验原酒普遍较正常大生产原酒表现出更明显的苹果香，清香风格典型。而且实验3所产原酒经品评放香、口感均比较理想。
3结论
3.1经中试实验可知，采用将3‰的FJ-5酵母菌液强化到正常汾酒配料当中，堆积发酵2d之后再进行入缸发酵的方法可较大程度地提高汾酒的总酯含量，提高幅度高达76.6%，能够很好地保证和提升汾酒品质。
3.2通过堆积发酵结合生物工程技术强化发酵体系中生香酵母数量的方法可在一定程度上提高汾酒中乙酯/乳酯的比值，最高可提高至1.5，在提高总酯的同时，实现了“增乙降乳”的目的，可大大地提升了汾酒的放香和口感。
3.3通过实验发现，由于大多数生香酵母具有好氧繁殖、厌氧代谢的特点，通过人工强化结合堆积自然网罗微生物的方法大大地丰富了汾酒发酵体系当中生香酵母的数量，进而为发酵后期提高汾酒总酯含量和产品品质打下基础。
3.4该研究在堆积时间的选择上没有进行梯度实验，堆积时间长短对于汾酒总酯含量的影响还有待进一步研究。
在生产流程中,为了减少污染物排放、甚至零排放,可以利用生物工程技术,研制具有特别功能的“工程菌”或“工程细胞株”,例如,在农业领域使用生物农药无毒、安全、无污染等;利用生物质能源能极大降低污染物排放;高催化效率“工程菌”加快化学反应,使生产过程能源、原料的消耗降低;综上所述,生物工程技术对于生态环境保护意义重大。
2生物工程在环境监测的应用
环境保护工作中的一个重要环节就是监测环境污染,应用化学仪器分析以及生物监测是环境监测的重要方法。可以利用基因工程技术改造过的微生物、指示生物、生物芯片技术、生物传感器技术、分子生物学等技术监测环境污染。近年来,环境监测也可以通过研究较多的有聚合酶式反应技术(PCR技术)、酶联免疫吸附技术(ELISA)、核酸探针、生物传感器、生物荧光方法等生物高新技术。土壤、沉积物、水样等环境标本的细胞检测可以通过PCR技术完成。水体中的BOD、酚、NO3、有机磷,以及大气中的CO2、SO2、NOx的含量及浓度分析都可以用生物传感技术测定。今后,由于其快速、灵敏、特异性强的特性,生物工程技术将在环境监测中广泛应用。
3生物工程在废水处理中的应用
需要一个由多种方法组成的多层次处理系统将废水中所含的多种污染物质处理。预处理多为物理方法,化学方法容易产生二次污染;利用生物的新陈代谢作用,对废水中的污染物质进行转化和稳定,将废水中污染物转化为无毒、无害、稳定的物质,这种方法就是利用生物工程措施在废水净化中的应用。固定化微生物技术。利用基因工程技术将一些具有特异性的优势菌种不断得到改造或创造,将这些具有脱色菌、脱氮、脱磷等高效专性菌进行固定化后,菌体密度提高,这种技术应用于废水处理,有利于提高生物反应器内微生物(尤其是特殊功能的微生物)的浓度,有利于微生物抵抗不利环境的影响,有利于反应后的固液分离,缩短处理所需的时间。生物反应器技术。在活性污泥中加入固定载和流动载体,以及好氧和厌氧固定膜的反应器,极大的增加了反应体系中的生物量和生物类群,运用发酵工程原理,使得微生物降解污染物的生物活性得到最大化的发挥。此法处理效率高、出水水质好;设备紧凑、占地面积小;易实现自动控制、运行管理简单。生物强化处理技术。通过向传统的生物处理系统中引入具有特定功能的微生物,提高有效微生物的浓度,增强对难降解有机物的降解能力,提高其降解速率,并改善原有生物处理体系对难降解有机物的去除效能。在水污染治理中的应用主要有:治理高浓度有机废水;有毒、有害难降解污染物的治理;脱氮除磷等。
4应用生物工程技术处理固体废弃
物固体垃圾处理通过物理的手段(如粉碎、压缩、干燥、蒸发、焚烧等)或生物化学作用(如氧化、消化分解、吸收等)用以缩小其体积、加速其自然净化的过程。焚烧、填埋等常规处理方式不能从根本上解决污染问题,污泥直接焚烧的热值过低,还要治理有害气体、粉尘污染,污泥焚烧的一次性投资和运行成本过高,采用现代生物技术处理这些有机物,把有机废弃物发酵成为有机肥或营养土去肥沃土地,再把植物变成食物,这是适应大自然自身规律的一种处理和循环利用方式。生物工程技术在消除白色污染方面意义重大,主要表现为:(1)通过基因工程技术可筛选优势微生物、构建高效降解菌,并通过发酵工程技术大量培养,可使白色污染物得到降解。(2)利用基因工程技术将能编码降解蛋白的基因导入某一土壤微生物中,使他们共同发挥各自的功能和作用,迅速将塑料等白色污染物降解。
5应用生物工程治理大气污染废气
的生物处理和空气净化是一种利用微生物吸附分解有机物能力和降解恶臭物质与有机废物的方法,主要方法有生物洗涤、生物过滤、生物吸附法等。这些方法具有成本低、效率高、安全性好和无二次污染等优点。
6应用生物工程治理土壤污染土壤污染
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