摘要：应用GPU通用高性能编程技术实现了一种加速BLAST算法的新方法。BLAST是目前最常用的用于生物序列查询比对的算法和软件包，其处理速度受到串行化执行和磁盘I／O等因素的影响。本文通过实验分析了BLAST软件包中的典型程序BLASTN的运行热点，并选定关键热点模块，应用CUDA编程技术对其进行并行化改造。对比实验结果表明，对于平均序列长度较大的序列库，应用GPGPU并行化可明显缩短该模块的运行时间，获得超过35倍的加速比。这说明，我们可以利用GPGPU对BLAST进行并行化加速，以满足高性能生物序列查询的需求。

关键词：blast blastn 序列查询比对 gpu gpgpu 

单位：中国科学院基因组科学及信息重点实验室 北京100029 浪潮集团高效能服务器和存储技术国家重点实验室 北京100085 香港浸会大学计算机系 香港 中国科学院研究生院 北京100049