摘要：摘要：PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包，被广泛使用。然而，由于模型复杂、参数众多，PAMI。的计算过程非常耗时。对PAMLq-最重要的codeml程序进行了并行算法研究，通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈。在此基础上，利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈，从而提高了程序整体的运行速度。实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度，加速比最高达7．94倍。

关键词：并行算法 paml 多核cpu 单指令流多数据流 

单位：南开大学计算机与控制工程学院 天津300071