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瘤背石磺Os-NMHC的克隆、表达分析以及NMHC进化节点探讨

李杰; 史艳梅; 沈和定; 杨铁柱; 顾冰宁; 许国绿 基因组学与应用生物学 2018年第05期

摘要:本研究以石磺科贝类转录组数据库为基础,克隆出一条Ⅱ型非肌肉型肌球蛋白重链(NMHCⅡ)基因的全长c DNA,将其命名为Os-NMHC。该序列全长为6 057 bp,包括5 733 bp的开放阅读框,236 bp的5'端非翻译区,88 bp的3'端非翻译区,共编码1 910个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.26,相对分子质量为220.46 k D。通过Phyre2程序和Pymol软件构建蛋白质三级结构图,预测蛋白质二级结构以α螺旋和β折叠为主;通过Clustalx和dna MAN软件进行氨基酸序列比对,发现其与爪蟾NMHCⅡA序列一致度为60.37%,其与爪蟾NMHCⅡB序列相似度为61.47%;通过Bayes软件构建系统进化树,发现其与加州海兔亲缘关系最近。通过q RT-PCR技术检测,发现该基因在四种石磺的背部、腹部、腹足部、肺囊、心脏、神经节中均有不同程度的表达。种间表达水平与进化趋势相一致,依次为:瘤背石磺≥平疣桑椹石磺〉里氏拟石磺〉紫色疣石磺。

关键词:石磺nmhc亚型进化

单位:上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室; 上海201306

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基因组学与应用生物学

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