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葡萄A病毒RT-LAMP检测方法的建立

张永江 辛言言 李桂芬 乾义柯 中国农业科学 2016年第01期

摘要:【目的】葡萄A病毒(Grapevine virus A,GVA)是葡萄皱木复合病的重要病原之一,以带毒种苗的嫁接为田间主要传播途径。使用无毒葡萄苗木进行生产是控制该病毒病害的根本措施,而简便灵敏的检测技术是筛选无毒种苗的有效保证。为此,开展针对GVA的反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)研究,旨在建立其RT-LAMP特异性检测方法。【方法】通过比对分析GVA的CP(coat protein)基因序列并经引物设计软件Primer Explore 4.0设计,获得6条检测引物GVA-FIP(5′-CTTACAGCCACGCTCAGAGTCC-CGTGGGAAGTTGGTTGTGT-3′)、GVA-BIP(5′-GCCCGTCAAAGGGGCTACAC-TCATA GGCGTTCTGTGCGA-3′)、GVA-F3(5′-AGAAGATGGGGATAGACCCG-3′)、GVA-B3(5′-CCGCCATTAACACGAGGAA-3′)、GVA-LF(5′-AT CCTTCCCACCAGCTCGG-3′)和GVA-LB(5′-TCAGGCAGATGTGTGAACCT-3′)。将RT-LAMP的反应温度分别设为59、61、63和65℃,根据1 h扩增曲线出现的先后次序确定最佳反应温度。以同样侵染葡萄的沙地葡萄茎痘相关病毒(Grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPa V)、葡萄卷叶病毒(Grapevine leafrollassociated virus,GLRa V)、葡萄斑点病毒(Grapevine fleck virus,GFKV)的阳性材料及阴性对照(健康葡萄叶片,用NC表示)的总RNA为模板,对RT-LAMP方法的特异性进行测定。将GVA的总RNA进行10倍梯度稀释,得到10^1、10^2、10^3、10^4、10^5、10^6倍的不同稀释液后用作模板分别进行RT-LAMP和普通RT-PCR检测,比较两者的灵敏度。RT-LAMP产物可进行实时扩增曲线检测,阳性样品在浊度仪上出现扩增曲线,阴性样品无扩增曲线;还可进行染料颜色反应检测,在反应产物中加入SYBR Green I染料,阳性样品产生肉眼可见的绿色,阴性反应为橙色。【结果】建立了GVA的RT-LAMP快速特异性检测方法,最佳反应温度为65℃。该方法约27 min即可检测到扩增曲线,而普通RT-PCR获得检测

关键词:葡萄a病毒反转录环介导等温扩增技术检测

单位:中国检验检疫科学研究院植物检疫研究所 北京100176 伊犁出入境检验检疫局 新疆伊宁835000

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