线上期刊服务咨询,发表咨询:400-808-1701 订阅咨询:400-808-1721

一种高通量提取桃DNA方法的建立与应用

张南南; 牛良; 崔国朝; 潘磊; 曾文芳; 王志强; 鲁振华 中国农业科学 2018年第13期

摘要:【目的】DNA制备是大规模基因型筛选和分子标记辅助选种的重要前提,本研究采用一种1.2 m L八联排管代替单个离心管,探索一种操作简便、节约时间、成本低的桃DNA快速提取方法,以满足高通量遗传研究的需求,提高工作效率。【方法】以普通生长型桃(standard type,ST)‘中油桃8号’为母本,温度敏感半矮生型桃(temperature-sensitive semi-dwarf in Prunus persica,Pp Tssd)‘09-1-112’为父本,杂交获得F1代分离群体500株实生苗为载体,包括温度敏感半矮生型246株,普通生长型254株,建立一种高通量、低成本桃DNA提取方法。利用1.2 m L八联排管结合八通道移液器,简化提取步骤,提取桃幼嫩叶片中的基因组DNA;通过紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA浓度、纯度和完整性进行检测。基于高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM),采用96孔板对温度敏感半矮生型桃和普通生长型桃共500个F1分离后代单株进行PCR扩增和基因分型,区分TSSDtssd基因型与tssdtssd基因型。基于双亲表型与基因型一致,开发In Del位点,PCR扩增后,采用SDS-PAGE在F1群体中进行验证,确定利用分离的DNA是否正确区分不同基因型。【结果】分离的DNA经紫外分光光度计检测,浓度范围约为25—200 ng·μL-1,OD260nm/OD280nm约为1.81—1.98,DNA纯度较高;琼脂糖凝胶电泳条带清晰、单一,DNA完整度较高。参考桃基因组(Version 2.0),根据双亲深度测序数据,开发获得SNP标记SNPPp033758620,应用于高分辨率熔解曲线基因分型,发现温度敏感半矮生型和普通生长型呈现明显不同的峰型,证明提取的DNA模板可应用于HRM基因分型。基于双亲基因型与表型一致,开发In Del标记In DelPp033829009,聚丙烯酰胺凝胶电泳的验证结果显示PCR扩增具有较高的强度,获得与目的片段大小一致的特异性条带,且在两种不同生长型单株中具有明显的多态性,表明PCR扩增

关键词:高通量dna提取方法

单位:中国农业科学院郑州果树研究所/国家桃葡萄品种改良中心/农业部果树育种技术重点实验室; 郑州450009

注:因版权方要求,不能公开全文,如需全文,请咨询杂志社

中国农业科学

北大期刊

¥1288.00

关注 25人评论|2人关注