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微型反向重复转座元件(MITE)靶区域扩增多态性:一种基于MITE的分子标记方法在水稻及其他植物上的应用

马忠友; 苏京平; 孙林静; 刘学军; 王春敏; 王胜军; 曾斌; 梁永书; 闫双勇 中国水稻科学 2007年第05期

摘要:利用根据水稻微型反向重复转座元件(miniature inverted repeat transposable element,MITE)序列设计的特异引物,以及靶区域扩增多态性(target region amplification polymorphism,TRAP)方法中的随机引物及扩增程序对不同的水稻材料进行PCR扩增来检测MITE侧翼为基因区域的多态性,称之为微型反向重复转座元件靶区域扩增多态性(MITE-TRAP)。每次扩增能产生1条或多条清晰条带,条带的大小为100~1500bp,可在1.5%的琼脂糖凝胶上分离,有较好的可重复性,并发现了不同水稻品种间的多态性条带。进一步用基于水稻预测的MITE序列设计的特异引物对来自棉花、番茄及拟南芥的DNA样品进行MITE-TRAP扩增,均能成功扩增出条带,显示这种方法可以直接在其他植物中应用。还进一步讨论了该方法的优点及其可能的应用。

关键词:微型反向重复转座元件靶区域扩增多态性分子标记引物设计水稻

单位:天津市农业科学院杂交粳稻研究中心; 天津300112; 南京农业大学农学院; 江苏南京210095

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