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大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1基因的多态性及其结构分析

徐嘉 马中富 唐皓 梁艳冰 陈志斌 李振宇 吴敬国 梁华平 胡旭初 中华危重病急救医学 2010年第05期

摘要:目的扩增大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1(SOCS-1)基因,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,为进一步的实验研究提供理论指导。方法扩增并测序大鼠的s0CS-1编码区序列,利用生物信息学网站的在线分析工具和VectorNTIsuite软件包,识别大鼠s0CS-1基因并预测其编码蛋白质的各种结构特征,根据该基因构建其分子进化树。结果聚合酶链反应(PCR)扩增获得2个序列不同的SOCS-1基因,BLASTx分析该基因为全长基因,该基因全长639bp,编码212个氨基酸(aa),具有1个sOCS盒(aa172-aa208),1个Scr同源区2(sH2)结构域(aa80-aa155)和1个核定位序列(aa160~aa174),一级结构含有2个线性B细胞抗原表位,全部位于蛋白的表面,并在空间结构上相距较远。结论SOCS-1基因具有基因多态性,其保守的SH2区域及SOCS盒与其对信号转导通路抑制作用有关,而其核定位序列可能影响其他核转导因子,B细胞线性表位则在免疫诊断方面有较好的应用前景。

关键词:基因多态性生物信息学大鼠

单位:中山大学附属第一医院普内科 广东广州510080 第三军医大学野战外科研究所 重庆400042 中山大学中山医学院寄生虫教研室 广东广州510080

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