摘要：用AFLP技术分析了我国不同年代广泛应用的野败型杂交水稻19个恢复系和13个不育系的遗传差异，同时基于其农艺性状进行了聚类，结果表明：（1）基于标记和性状两种聚类在不育系和恢复系的区分上一致，而在恢复系内和不育系内的遗传差异检测上有较大差异；（2）我国水稻亲本间的遗传差异较大，且在不育系与恢复系间〉恢复系内〉不育系内；（3）恢复系内的遗传差异以早期小于中期、近期，其与不育系间的遗传差异也存在同样的关系，这与20世纪80年代中、后期我国杂交水稻产量大幅度提高，90年代后一直徘徊不前的变化趋势一致；（4）不育系内的遗传差异后期大于前期，但它与恢复系间的遗传差异前、后期不显著；（5）不同年代恢复系的分子标记遗传差异变化趋势与杂交水稻产量变化趋势一致，分子标记揭示的遗传差异可为杂交育种中恢复系的选择提供参考。

关键词：杂交水稻 遗传差异 aflp 农艺性状 

单位：西南大学水稻研究所; 农业部生物技术与作物品质改良重点开放实验室; 重庆400716; 四川省农业科学院水稻高粱研究所; 四川泸州646100