摘要:利用大豆基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定大豆NF—YB家族基因的全序列、定位和拷贝数,通过序列比对进行进化和分类分析。利用大豆高通量RNA测序数据、NCBI中UniGene的EST表达数据进行组织表达谱分析。结果表明,大豆基因组中含有28个NF—YB家族基因,分布于大豆的14条染色体上,系统进化树分析将其分成3类。启动子分析表明,几乎全部NF—YB家族基因的启动子区均含有逆境应答反应顺式作用元件。各个发育阶段中,多数成员至少在一个组织中表达,10个差异表达的基因中有2个在根瘤中特异表达,2个在根中特异表达,2个在根瘤中优势表达,另外4个在其他部位优势表达。研究结果促进了NF—YB家族基因的功能研究与利用。
关键词:全基因组鉴定 进化 差异表达 启动子
单位:西北农林科技大学农学院; 陕西杨凌712100; 中国农业科学院作物科学研究所; 农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程/农业部作物遗传育种重点开放实验室; 北京100081
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