摘要：【目的】定位并注释双峰驼主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)基因序列，为进一步研究双峰驼MHC基因提供科学依据。【方法】运用比较基因组学方法，提取人类MHC（HLA）基因编码序列和牛MHC（BoLA)基因编码序列并分别与双峰驼转录本进行blastn基因序列比对，识别出相似度较高的scaffolds，通过分析HLA、BoLA基因序列比对在这些scaffolds上的位置顺序，对多条scaffolds进行拼接，得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome；再分别提取HLA、BoLA全基因组序列与双峰驼已拼接的scaffolds进行基因组共线性分析，利用lastz建立起的Pseudo chromosome与HLA、BoLA全基因组序列的线性关系判断筛选出的scaffolds是否准确；然后通过分析MHC基因在两物种间的线性关系，在双峰驼参考基因组中提取出MHC基因序列，并对这些序列进行基因注释；最后根据得到的双峰驼MHC基因绘制系统进化树，研究其基因间的进化关系。【结果】通过对HLA、BoLA基因编码序列与双峰驼转录本用blastn进行序列比对，识别出了相似度较高的3条scaffolds，即NW_011511766.1（全长4.1M）、NW_011515227.1（全长1.2M）和NW_011514613.1（全长15K），对其拼接得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome；利用lastz共线性分析,识别出HLA基因序列和BoLA基因序列并比对出其在双峰驼MHC基因的共线性区域。该区域与拼接得到的Pseudo chromosome一致，证明筛选出的scaffolds是准确的。并且发现Class-Ⅰ类和Class-Ⅲ类基因集中分布在NW_011515227.1上，而Class-Ⅱ类基因集中分布在NW_011511766.1和NW_011514613.1上，进一步分析得知Class-Ⅱ类基因主要分布在NW_011511766.1的3.5—4.1M的位置；将存在共线性区域的序列提取出来，与比对到双峰驼上的MHC基因的编码序列进行blat分析，结果在双峰驼基因组中共识别出24个与牛BoLA基因高度相似的基因，其中Ⅰ类基因1个，Ⅱ

关键词：双峰驼 mhc cbla bola hla 

单位：内蒙古农业大学兽医学院/农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室; 呼和浩特010018