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基于KL散度的RNA—Seq数据差异异构体比例检测

欧书华; 刘学军; 张礼 计算机工程与科学 2017年第01期

摘要:近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。

关键词:平滑ldakl散度差异异构体比例

单位:南京航空航天大学计算机科学与技术学院; 江苏南京211106

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