摘要：关联作图是一种利用连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）检测自然群体中基因位点及其等位变异的方法。利用60个SSR标记,对全国大豆地方品种群体（393份代表性材料）和野生大豆群体（196份代表性材料）的基因组变异进行扫描,分析两类群体的连锁不平衡位点、群体结构,并采用TASSEL软件的GLM（general linear model）方法对16个农艺、品质性状观测值进行标记与性状的关联分析。结果表明：（1）在公共图谱上不论共线性的或是非共线性的SSR位点组合都有一定程度的LD,说明历史上发生过连锁群间的重组;栽培群体的连锁不平衡成对位点数较野生群体多,但野生群体位点间连锁不平衡程度高,随距离的衰减慢。（2）群体SSR数据遗传结构分析发现,栽培群体和野生群体分别由9和4个亚群体组成,亚群的划分与群体地理生态类型相关联,证实地理生态类型划分有其遗传基础。（3）栽培群体中累计有27个位点与性状相关;野生大豆种质中累计有34个位点与性状相关。部分标记在两类群体中都表现与同一性状关联,检出的位点有一致性,也有互补性;一些标记同时与2个或多个性状相关联,可能是性状相关乃至一因多效的遗传基础;关联位点中累计有24位点（次）与遗传群体连锁分析定位的QTL一致。

关键词：栽培大豆 soja ssr 群体结构 关联分析 

单位：南京农业大学大豆研究所／国家大豆改良中心／作物遗传与种质创新国家重点实验室; 江苏南京210095