摘要：在前文研究已检出与农艺品质性状显著关联的SSR位点的基础上，本文进一步对与性状关联位点的等位变异作解析，通过将携带某等位变异的所有材料表型均值与携带无效等位基因（null allele）材料表型均值做比较，估计等位变异的潜在表型效应增量（减量），进一步利用该信息估计位点增效（减效）等位变异的平均效应，鉴别出一批农艺品质性状优异位点、等位变异及携带优异等位变异的载体材料。发现在栽培及野生种质中检出的优异等位变异有同、有异、有互补性。发现关联位点正、负效应等位变异均值间有差异，可根据育种目标性状选择要求，选取适合的位点及相应等位变异。同一标记位点可与多性状关联，其等位变异在不同性状间各有其表型效应的方向和大小；等位变异在相关性状效应上方向、大小的异同解释了性状间正、负相关的遗传原因。关联作图得到的信息可以弥补家系连锁法QTL定位信息的不足，并直接利用等位变异信息进行亲本选拔、组合选配及后代等位条带辅助选择以提高育种成效。

关键词：栽培大豆 soja ssr 关联分析 优异等位变异 

单位：南京农业大学大豆研究所; 国家大豆改良中心; 作物遗传与种质创新国家重点实验室; 江苏南京210095